python-2.7 - 数据交换——Python 和 Fortran

Question

我们正在开发一个科学应用程序，它具有 python 2.7 中的接口(interface)和用 Intel Visual Fortran 编写的计算例程。读取源文件是使用 python 完成的，然后只需要将计算所需的数据传递给独立的 Fortran 算法。计算完成后，数据必须再次由 python 读取。

使用格式化的文本文件似乎耗时太长且效率不高。此外，我们希望有一个标准的中间格式。可以有大约 20 个数组，而且这些数组很大(如果写入格式化文本，文件大约有 500 MB)。

Q1。在需要 Python 和 Fortran 数据交换的类似情况下。推荐的交互方式是什么？ (例如:编写一个中间数据以供其他 或 从 Python 中调用 Fortran 或 使用 numpy 创建兼容数组 或 等。 )

Q2。如果建议编写中间结构，什么格式适合数据交换？ (我们遇到了 CDF、NETCdf、二进制流，但到目前为止还没有尝试过。)

Answer 1

在 Python 中包装 Fortran 代码的标准方法是使用 f2py (包含在 numpy 模块中)。

对于中间结果的输出，可以使用多种格式，这实际上取决于您的要求。

• 对于来自 python 的简单数据集，只需使用 numpy.save .
• 如果您的数据集变大，则使用 HDF5，例如 PyTables可以使用 Python 语言和 Fortran 语言的 libhdf5。
• 否则，如果您不想将您的代码链接到外部库，则从 Fortran 编写并使用 numpy 解析的自定义二进制文件也可以工作。