我正在尝试在运行 redhat+IBM LSF 的集群中从源代码安装最新的 octave 3.8.1。除了我自己的主目录之外,我没有其他任何地方的写访问权限,这就是为什么我必须从源代码安装 octave。集群提供的 blas 和 lapack 不起作用,所以我必须自己构建它们。我现在已经完成了 blas 和 lapack 的编译并通过了 ./configure
,但是我运行make的时候,报错如下:
这些是我用来构建自己的步骤 BLAS
和 LAPACK
. BLAS的来源在~/src/BLAS
而 LAPACK 的来源在 ~/src/lapack-3.5.0
并且 octave 3.8.1 的来源在 ~/src/octave-3.8.1
.
只有两个模块,1) pcre/8.33 2) acml/5.3.1/gfortran64
,加载,我使用编译 BLAS 共享库
gfortran -shared -O2 *.f -o libblas.so -fPIC
和静态库使用
gfortran -O2 -c *.f -fPIC
ar cr libblas.a *.o
然后我复制共享库
libblas.so
到 ~/src/octave-3.8.1。 make.inc
的内容lapack 目录中的文件是:####################################################################
# LAPACK make include file. #
# LAPACK, Version 3.5.0 #
# November 2013 #
####################################################################
#
SHELL = /bin/sh
#
# Modify the FORTRAN and OPTS definitions to refer to the
# compiler and desired compiler options for your machine. NOOPT
# refers to the compiler options desired when NO OPTIMIZATION is
# selected. Define LOADER and LOADOPTS to refer to the loader and
# desired load options for your machine.
#
FORTRAN = gfortran
OPTS = -shared -O2 -fPIC
DRVOPTS = $(OPTS)
NOOPT = -O0 -frecursive
LOADER = gfortran
LOADOPTS =
#
# Timer for the SECOND and DSECND routines
#
# Default : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME
#TIMER = EXT_ETIME
# For RS6K : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME_
# TIMER = EXT_ETIME_
# For gfortran compiler: SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION ETIME
TIMER = INT_ETIME
# If your Fortran compiler does not provide etime (like Nag Fortran Compiler, etc...)
# SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION CPU_TIME
# TIMER = INT_CPU_TIME
# If neither of this works...you can use the NONE value... In that case, SECOND and DSECND will always return 0
# TIMER = NONE
#
# Configuration LAPACKE: Native C interface to LAPACK
# To generate LAPACKE library: type 'make lapackelib'
# Configuration file: turned off (default)
# Complex types: C99 (default)
# Name pattern: mixed case (default)
# (64-bit) Data model: LP64 (default)
#
# CC is the C compiler, normally invoked with options CFLAGS.
#
CC = gcc
CFLAGS = -O3
#
# The archiver and the flag(s) to use when building archive (library)
# If you system has no ranlib, set RANLIB = echo.
#
ARCH = ar
ARCHFLAGS= cr
RANLIB = ranlib
#
# Location of the extended-precision BLAS (XBLAS) Fortran library
# used for building and testing extended-precision routines. The
# relevant routines will be compiled and XBLAS will be linked only if
# USEXBLAS is defined.
#
# USEXBLAS = Yes
XBLASLIB =
# XBLASLIB = -lxblas
#
# The location of the libraries to which you will link. (The
# machine-specific, optimized BLAS library should be used whenever
# possible.)
#
#BLASLIB = ../../librefblas.a
BLASLIB = ~/src/BLAS/libblas.a
LAPACKLIB = liblapack.a
TMGLIB = libtmglib.a
LAPACKELIB = liblapacke.a
然后我输入 make 来编译 LAPACK。编译后,我复制了输出
liblapack.a
到 ~/src/octave-3.8.1。./configure
命令行是:./configure --prefix=$HOME/bin/octave --with-blas=./libblas.so --with-lapack=$HOME/src/octave-3.8.1/liblapack.a --disable-readline --enable-64
我可以通过./configure。然后我输入
make
尝试构建 octave 3.8.1,我得到了上述错误。来自
make.inc
文件可以看出我遵循了编译器“recompile with -fPIC
”的建议,并相应地修改了make.inc。我还添加了-shared
切换到 OPTS
多变的。此外,我尝试过使用旧的 LAPACK 版本但无法正常工作。我真的不知道为什么错误仍然出现。所以我想知道你能否告诉我如何编译LAPACK
库,以便在安装 octave 3.8.1 期间可以正确使用它。以下两点可能值得考虑。 (1) 我应该将 lapack 编译为静态库还是共享库? (2) 应-fPIC
开关应用于 lapack 编译或 octave 的 make
?如果是后者,如何应用-fPIC来制作?您不必局限于上述两点,因为错误可能还有其他原因。欢迎任何解决此问题的建议。如果您需要任何其他信息,请告诉我。谢谢你。
最佳答案
刚刚在我老板的野兽上编译了lapack共享库...这里是a link这几乎做对了。
我做了一些改变:
(1) 将 -fPIC 添加到
OPTS & NOOPT in make.inc
(2) 将make.inc中的名称改为.so
BLASLIB = ../../libblas.so
LAPACKLIB = ../liblapack.so
(3) 在 ./SRC 中,将 Makefile 从
../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
$(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
$(RANLIB) $@
到
../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
$(LOADER) $(LOADOPTS) -shared -Wl,-soname,liblapack.so -o $@ $(ALLOBJ) ../libblas.so
因为 lapack 正在调用 blas,如果你错过了最后一部分,你的 liblapack.so 将会失败!您需要针对 libblas.so 链接 liblapack.so ( libatlas.so 也可以)。您可以使用“ldd liblapack.so”来检查它的依赖关系。如果您在那里看到 libblas.so,那么您几乎做对了。
(4) 在 ./BLAS/SRC 中,将 Makefile 从
$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
$(RANLIB) $@
到
$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(LOADER) $(LOADOPTS) -z muldefs -shared -Wl,-soname,libblas.so -o $@ $(ALLOBJ)
(5)我不需要 libtmg.so 所以我没有改变它......
跑
make blaslib
然后
make lapacklib
您将编译它们。我检查 liblapack.so 并在其上构建一个 numpy 并加载 Python ctypes.cdll。我所有的工作都是为了解决特征值和特征向量......所以应该没问题......
(6) 您可能需要将 LD_LIBRARY_PATH 设置到您保存库文件的位置。
谷歌它...如果不是由管理员设置,那么
export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib
如果已经设置,那么
export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib:$LD_LIBRARY_PATH
覆盖您的默认库。
这样您就不会出现 ld 链接错误。祝你好运!!
在 lapack-3.7.0 中,SRC/Makefile 中有多余的行。只需删除它们即可解决您的错误。
关于gcc - 如何编译lapack,以便在安装octave的过程中可以正确使用?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/23463240/