首先让我说我读过Writing R Extensions,Rcpp 包小插图,并且我已经从Rcpp.package.skeleton()
构建了一个包。 .
自从构建我的包后,我添加了一个函数,multiGenerateCSVrow()
,然后跑 compileAttributes()
在 R CMD 构建/R CMD 安装之前的包目录中。加载包后,我可以直接或通过 foreach()
运行我的函数。与 %do%
方法。
但是,当我尝试并行运行时,出现错误:
cl <- makePSOCKcluster(8)
registerDoParallel(cl)
rows <- foreach(i=1:8,.combine=rbind,.packages="myPackage") %dopar% multiGenerateCSVrow(scoreMatrix=NIsample,
validMatrix = matrix(1,nrow=10,ncol=10),
cutoffVector = rep(0,10),
factorVector = randomsCutPlus1[i,],
actualVector = rep(1,10),
scaleSample = 1)
stopCluster(cl)
~
Error in multiGenerateCSVrow(scoreMatrix = NIsample, validMatrix = matrix(1, :
task 1 failed - "NULL value passed as symbol address"
这是包 namespace :
# Generated by roxygen2 (4.0.1): do not edit by hand
useDynLib(myPackage)
exportPattern("^[[:alpha:]]+")
importFrom(Rcpp, evalCpp)
这是 RcppExports.cpp 的相关部分:
// multiGenerateCSVrow
SEXP multiGenerateCSVrow(SEXP scoreMatrix, SEXP validMatrix, SEXP cutoffVector, SEXP factorVector, SEXP actualVector, SEXP scaleSample);
RcppExport SEXP myPackage_multiGenerateCSVrow(SEXP scoreMatrixSEXP, SEXP validMatrixSEXP, SEXP cutoffVectorSEXP, SEXP factorVectorSEXP, SEXP actualVectorSEXP, SEXP scaleSampleSEXP) {
BEGIN_RCPP
SEXP __sexp_result;
{
Rcpp::RNGScope __rngScope;
Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type scoreMatrix(scoreMatrixSEXP );
Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type validMatrix(validMatrixSEXP );
Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type cutoffVector(cutoffVectorSEXP );
Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type factorVector(factorVectorSEXP );
Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type actualVector(actualVectorSEXP );
Rcpp::traits::input_parameter< SEXP >::type scaleSample(scaleSampleSEXP );
SEXP __result = multiGenerateCSVrow(scoreMatrix, validMatrix, cutoffVector, factorVector, actualVector, scaleSample);
PROTECT(__sexp_result = Rcpp::wrap(__result));
}
UNPROTECT(1);
return __sexp_result;
END_RCPP
}
和 RcppExports.R:
multiGenerateCSVrow <- function(scoreMatrix, validMatrix, cutoffVector, factorVector, actualVector, scaleSample) {
.Call('myPackage_multiGenerateCSVrow', PACKAGE = 'myPackage', scoreMatrix, validMatrix, cutoffVector, factorVector, actualVector, scaleSample)
}
它可能在寻找什么?
最佳答案
我有一个类似的问题,我通过添加 .noexport = c(<Functions that were implemented in C++>)
解决了它到 foreach
.
我猜这些函数是从全局环境导入到并行上下文中的,但是,由于它们不是普通函数,因此它们实际上不起作用。这确实意味着必须在每个节点上单独加载功能;就我而言,那是一场雪 clusterCall()
调用源各种文件,包括 C++ 代码。
关于r - 无法在 foreach 中运行 Rcpp 函数 - "NULL value passed as symbol address",我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/25062383/