R:在记录堆栈跟踪后捕获错误并继续执行(tryCatch 没有可用的回溯)

Question

我在服务器上运行的 R 中有许多无人值守的批处理作业，我必须在它们运行后分析作业失败。

我正在 try catch 错误以记录它们并从错误中优雅地恢复，但我无法获得堆栈跟踪 ( traceback ) 来记录导致错误的 R 命令的代码文件名和行号。一个(愚蠢的)可重现的例子:

f <- function() {
  1 + variable.not.found    # stupid error
}

tryCatch( f(), error=function(e) {
  # Here I would log the error message and stack trace (traceback)
  print(e)            # error message is no problem
  traceback()         # stack trace does NOT work
  # Here I would handle the error and recover...
})

运行上面的代码会产生以下输出:

simpleError in f(): object 'variable.not.found' not found

No traceback available

回溯不可用，原因记录在 R 帮助 ( ?traceback ) 中:

Errors which are caught via try or tryCatch do not generate a traceback, so what is printed is the call sequence for the last uncaught error, and not necessarily for the last error.

换句话说:用 tryCatch 捕获错误确实会杀死堆栈跟踪!

我怎样才能

处理错误 和

记录堆栈跟踪(回溯)以供进一步检查

[可选] 不使用无法保证在 future 工作的未记录或隐藏的 R 内部函数？

多谢!

Answer 1

抱歉回答太长，但我想在一个答案中总结所有知识和引用!

需要解决的主要问题

tryCatch将调用堆栈“展开”到 tryCatch打电话让traceback和 sys.calls不再包含完整的堆栈跟踪以识别导致错误或警告的源代码行。

tryCatch aborts the execution if you catch a warning通过为 warning 传递处理函数健康)状况。如果您只想记录警告，则无法正常继续执行。

dump.frames写入堆栈跟踪的评估环境(帧)以允许事后调试(= 检查每个函数调用中可见的变量值)但 dump.frames "forgets" to save the workspace too if you set the parameter to.file = TRUE .因此可能会丢失重要的对象。

找到一个简单的日志框架，因为 R 不支持开箱即用的体面日志记录

使用源代码行丰富堆栈跟踪。

解决方案概念

使用 withCallingHandlers而不是 tryCatch获取指向引发错误或警告的源代码行的完整堆栈跟踪。

仅在 withCallingHandlers 内捕获警告(不在 tryCatch 中)，因为它只调用处理函数但不改变程序流程。

环绕withCallingHandlers与 tryCatch根据需要捕获和处理错误。

使用 dump.frames使用参数 to.file = FALSE将转储写入名为 last.dump 的全局变量中并通过调用 save.image 将其与全局环境一起保存到文件中.

使用日志框架，例如。 G。包裹futile.logger .

当您设置 options(keep.source = TRUE) 时，R 会跟踪源代码引用.您可以将此选项添加到您的 .Rprofile文件或使用设置此选项的启动 R 脚本和 source那么你的实际 R 脚本。

要使用跟踪的源代码行丰富堆栈跟踪，您可以使用未记录(但广泛使用)的函数 limitedLabels .

要从堆栈跟踪中过滤掉 R 内部函数调用，您可以删除所有没有源代码行引用的调用。

执行

代码模板

而不是使用 tryCatch你应该使用这个代码片段:

library(futile.logger)

tryCatch(
  withCallingHandlers(<expression>,
    error = function(e) {
      call.stack <- sys.calls() # is like a traceback within "withCallingHandlers"
      dump.frames()
      save.image(file = "last.dump.rda")
      flog.error(paste(e$message, limitedLabels(call.stack), sep = "\n"))
    }
    warning = <similar to error above>
  }
  error = <catch errors and recover as you would do it normally>
  # warning = <...> # never do this here since it stops the normal execution like an error!
  finally = <your clean-up code goes here>
}

通过包( tryCatchLog )的可重用实现

我已经用上面提到的所有概念实现了一个简单的包。
它提供了一个功能 tryCatchLog使用 futile.logger包裹。

用法:

library(tryCatchLog)  # or source("R/tryCatchLog.R")

tryCatchLog(<expression>,
            error = function(e) {
              <your error handler>
            })

您可以在 github 上找到免费的源代码:

https://github.com/aryoda/tryCatchLog

您也可以 source tryCatchLog function而不是使用完整的包装。

示例(演示)

见 demo file这提供了很多注释来解释它是如何工作的。

引用

其他 tryCatch替代品

使用在 try catch 时执行多次尝试(重试)的功能记录警告和错误，例如。 G。访问不可靠的网络驱动器:

Handling errors before warnings in tryCatch

withJavaLogging函数对其他包没有任何依赖性，这也使用 limitedLabels 丰富了对调用堆栈的源代码引用。 :

Printing stack trace and continuing after error occurs in R

其他有用的链接

http://adv-r.had.co.nz/Exceptions-Debugging.html

A Warning About warning() - avoid R's warning feature

In R, why does withCallingHandlers still stops execution?

How to continue function when error is thrown in withCallingHandlers in R

Can you make R print more detailed error messages?

How can I access the name of the function generating an error or warning?

How do I save warnings and errors as output from a function?

options(error=dump.frames) vs. options(error=utils::recover)

General suggestions for debugging in R

Suppress warnings using tryCatch in R

R Logging display name of the script

Background information about the "srcrefs" attribute (Duncan Murdoch)

get stack trace on tryCatch'ed error in R