python 将两棵树放在同一个根节点上

Question

我编写了一个程序来计算两棵树之间的距离。 树已经生根了。

我想确保这些树都 Root 于相同的根或外群。

据我所知，在ete2中，只能设置根，但无法找到根，也无法在同一棵树上为另一棵树建立根。

我想在一棵树中找到根，并在另一棵树中设置相同的根。所以树木以同样的方式生根。

#>>> print t1
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#         /-aaaaaaaaad
#      /-|
#   /-|   \-aaaaaaaaae
#  |  |
#--|   \-aaaaaaaaaa
#  |
#  |   /-aaaaaaaaab
#   \-|
#      \-aaaaaaaaac
#>>> print t2
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#      /-aaaaaaaaaa
#   /-|
#  |  |   /-aaaaaaaaab
#  |   \-|
#--|      \-aaaaaaaaac
#  |
#  |   /-aaaaaaaaad
#   \-|
#      \-aaaaaaaaae
#

因此，在 t1 中，树的根植于以 b 和 c 结尾的外群。我想让这个外群和根 t2 位于同一组中。

有谁知道是否有可能确保树木的根相同？或者另一个包是否包含这样的方法？

Answer 1

etetoolkit提供 set_outgroup 方法来为树生根。如果您只想在两棵树中具有相同的根来进行拓扑比较，最简单的方法是选择相同的尖端名称作为两棵树中的根。

from ete2 import Tree
# generate 2 random trees
t1 = Tree()
t2 = Tree()
t1.populate(5)
t2.populate(5)
# root both to the same tip name
root = t1.get_leaf_names()[0]
t1.set_outgroup(root)
t2.set_outgroup(root)

print t1
print t2
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#  /-aaaaaaaaaa
#-|
# |   /-aaaaaaaaab
#  \-|
#    |   /-aaaaaaaaac
#     \-|
#       |   /-aaaaaaaaad
#        \-|
#           \-aaaaaaaaae
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#  /-aaaaaaaaaa
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#-|      /-aaaaaaaaad
# |   /-|
# |  |   \-aaaaaaaaae
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#    |   /-aaaaaaaaab
#     \-|
#        \-aaaaaaaaac