python - 如何将变量文件名传递给 python ete？

Question

我正在尝试使用以下代码从文件中加载 newick 字符串:

filename = templist[1].lower().replace(" ","") + ".nwk"
tt = Tree(filename, format=1)

但出现以下错误:

 tt = Tree(filename, format=1) # Loads a tree structure from a newick string. The returned variable tt is the root node for the tree.
  File "/python2.7/dist-packages/ete2-2.2.1072-py2.7.egg/ete2/coretype/tree.py", line 225, in __init__
    read_newick(newick, root_node = self, format=format)
  File "/python2.7/dist-packages/ete2-2.2.1072-py2.7.egg/ete2/parser/newick.py", line 237, in read_newick
    'Unexisting tree file or Malformed newick tree structure.'
ete2.parser.newick.NewickError: Unexisting tree file or Malformed newick tree structure.

文件格式我已经验证过了，没问题。我想我以错误的方式传递了变量，你能指导我将文件名作为变量传递吗？

当我在不使用变量的情况下将文件名作为字符串传递时，它工作正常，但我需要使用变量值来加载树。

Answer 1

你确定 format=1 是正确的吗？

根据 documentation -

for named internal nodes we will use format 1

您确定您的 newick 树已命名内部节点吗？如果不是，请尝试不向 format 参数传递任何值。

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此外，请确保文件名是文件的绝对路径，或者如果是相对路径，例如a.nwk，则确保文件存在于您运行 python 脚本的目录中。