我已经根据我拥有的 enzyme 序列创建了一个系统发育树。我的格式很简单，只显示分数，没有着色。现在我拥有的序列是限制性 enzyme ，每个序列都有一个基序。我想为具有相似基序的 enzyme 分支着色。昨天我花了大部分时间寻找可以帮助我做到这一点的不同软件，但最终感到困惑。 我想知道一个好的工具，它可以采用 newick 格式的树，或者采用 alignment 信息。并允许我根据相似的图案赋予颜色。
我遇到了这个工具:http://etetoolkit.org/ ，但它需要大量的依赖库，而这些依赖库又具有很少或没有安装错误文档的依赖关系。
我使用 BioPython 库中的 Phylo 类来开发树。我使用以下命令生成带有分数的树:
Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c: c.branch_length)
最佳答案
FigTree ( http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ ) 是一个系统发育树查看器，允许自定义着色。
我不清楚你如何知道哪种 enzyme 具有哪个基序。如果该信息未内置，您可能需要在构建树之前对每个序列进行注释，以便您可以在 FigTree 中搜索并按标签着色。
(请注意，如果您只想显示 enzyme 名称，没有基序，您仍然可以采用这种方法，然后手动编辑 .nwk 文件，保留颜色信息，但删除注释。)
关于python - 系统发育树着色，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/26389276/