我正在尝试从 pubchem 数据库中以 sdf 格式提取与某个精确质量匹配且在该精确质量的 10ppm 范围内的化合物的化学结构 (exactmass-cmpndmass/exactmass)*10^6。有没有办法使用与 pubchem 接口(interface)的 python 或 java 编程语言来实现此目的。
最佳答案
PubChem 有一个 REST API 用于下载化学结构。为了检索给定质量范围内的 PubChem 化合物记录，应启动 Entrez 查询以生成 CID 列表。100:100.01 是示例的质量范围。
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pccompound&usehistory=y&retmax=0&term=100:100.01[exactmass]
可以引用这个教程 Power user gateway
关于java - 从 pubchem 中提取与单同位素质量匹配的 sdf 文件，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/37369757/