c++ - Rcpp:安装带有静态库的包，以便独立于平台使用

Question

我想使用 libDAI C++ R 包中的库并想要该包:

1. 可在 Linux 和 Windows 上使用
2. 节省磁盘空间(外部库大约有 60 Mb)
3. 最终用户不需要安装boost和gmp进行编译

我当前的设置是:

• 预编译 libDAI
  • 将 libdai.a 复制到 lib/
  • 将所有 libDAI 头文件复制到 inst/include
• 将 Makevar 添加到 src/

修改Makevar文件:

# include libraries
PKG_CPPFLAGS =-I../inst/include/
PKG_LIBS = -Llib -l../lib/libdai.a

我用于访问 libDAI 库的脚本是(src/中的 test.cpp):

#include <dai/factorgraph.h>
#include <Rcpp.h>
#include <cmath>

using namespace Rcpp;
using namespace std;
using namespace dai;

//'
//' Creates libDAI factor graph object
//'
//' @param factor_graph character definition of the factor graph
//' @export
// [[Rcpp::export]]
void initialize_factor_graph(const char* factor_graph) {

  // read the factor graph from the string
  std::istringstream fgStream(factor_graph);
  FactorGraph net;
  net.ReadFromString( fgStream );

  // Output some information about the factorgraph
  cout << "Factor graph has " << net.nrVars() << " variables" << endl;
  cout << "Factor graph has " << net.nrFactors() << " factors" << endl;

}

运行 Rscript -e "Rcpp::compileAttributes('libdai')"，然后运行 ​​R CMD INSTALL libdai 返回错误:

Error: package or namespace load failed for 'libdai' in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object 
'/home/jk/libs/R/libdai/libs/libdai.so':
  /home/jk/libs/R/libdai/libs/libdai.so: undefined symbol: _ZTVN3dai11FactorGraphE
Error: loading failed

所以我的问题是:

• 我的设置有什么问题？
• 在 CRAN 上分享我的最终包的最佳程序是什么？
• 共享包的最佳设置是什么？

我的问题与 this 密切相关和 this问题和其他几篇与引用静态库相关的帖子，但是我无法通过这些链接解决我的问题。

Answer 1

如何链接静态库

您可以使用 -L<directory> -l<name>或<path> ，即在你的情况下

PKG_LIBS = -L../lib -ldai

或

PKG_LIBS = ../lib/libdai.a

标题位置

libDAI 的 header 仅在内部使用。无法链接到这些 header 中声明的函数。因此我不会使用inst/include对于这些 header 。

对 CRAN 的依赖

gmp 库似乎可以在 CRAN 构建器上使用，参见https://github.com/cran/gmp和 https://cran.r-project.org/package=gmp 。看来 libDAI 需要链接来提升(程序选项)，参见https://bitbucket.org/jorism/libdai/src/83bd24a4c5bf17b0592a7b5b21e26bf052881833/Makefile.LINUX?at=master&fileviewer=file-view-default#Makefile.LINUX-49 。然而，看看实际的Makefile看来这仅用于测试和实用程序。因此，您可能会摆脱 BH 包提供的 boost header 。

预构建静态库

这是 Windows 上的常见方法(参见 https://github.com/rwinlib )，但我发现它对于 Linux 来说不寻常。更常见的方法是以下之一:

• 将源代码包含在包中并在配置或包安装期间进行编译
• 下载源代码并在配置期间进行编译
• 与系统库的链接(不过我还没有看到 libDAI 的任何链接)。

对于这三种方法，CRAN 和 GitHub 上都有大量示例。不过，很难提出建议。我可能会选择“在包中包含源代码”并使用上游提供的 Makefile 作为构建库的起点。