我正在尝试访问 R 的 environmental variables来自 bash。安装指南最初让我相信 $R_HOME 是在 bash 中声明的。然而,这似乎并不准确。
有没有办法从 bash 访问这些环境变量?
前面的问题询问了如何使用 Sys.getenv() 或 Sys.setenv() 从 R 中访问这些变量。这个问题的重点是能够通过bash访问信息。简单地调用 echo $R_HOME
不会在 bash 变量中产生适当的路径。
例如,我可以使用复杂的方法获取信息:
R_HOME=$(Rscript -e "Sys.getenv('R_HOME')" | grep -Po '".*?"' | sed 's/"//g')
所以我会收到: [1]“/usr/lib64/R”
Grep 然后给出: “/usr/lib64/R”
最后是 sed: /usr/lib64/R
我真的更愿意找到一种方法,让我无需经历此过程即可访问所有环境变量。
R_HOME/etc/Renviron 中列出了一些环境变量的定义。 。然而,它们在 bash 中都不可用。
最佳答案
这可能比前面两个答案建议的更容易:
因为 RHOME
非常重要,所以执行 R RHOME
:
edd@don:~$ R RHOME
/usr/lib/R
edd@don:~$ val=$(R RHOME)
edd@don:~$ echo ${val}
/usr/lib/R
edd@don:~$
基本上所有其他功能都可以通过R CMD config ...
edd@don:~$ R CMD config --help | head -20
Usage: R CMD config [options] [VAR]
Get the value of a basic R configure variable VAR which must be among
those listed in the 'Variables' section below, or the header and
library flags necessary for linking against R.
Options:
-h, --help print short help message and exit
-v, --version print version info and exit
--cppflags print pre-processor flags required to compile
a C/C++ file using R as a library
--ldflags print linker flags needed for linking a front-end
against the R library
--no-user-files ignore customization files under ~/.R
--no-site-files ignore site customization files under R_HOME/etc
Variables:
BLAS_LIBS flags needed for linking against external BLAS libraries
CC C compiler command
CFLAGS C compiler flags
edd@don:~$
最后,对于正在运行的 R session ,您可以启动一个并访问它:
edd@don:~$ Rscript -e 'cat(Sys.getenv("PATH"))' # manual break
/home/edd/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:\
/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/gamesedd@don:~$
关于r - 从 Bash 访问 R 的环境变量,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/28044030/