python - 打印两个字符串中同一位置不同的特定字符

Question

我正在尝试编写代码来打印出一对字母，一个来自每个字符串中的相同位置，当任一字符串中的字符为“-”或“?”时。

ref_seq = "AGGTCATCAGGGAAA??TCTAGAACCC"
map_seq = "AGGTCTTCAAAAAAAGG---G"

#defining which sequence is longer/shorter
longest_seq = map_seq 
shortest_seq = ref_seq
if len(ref_seq) > len(map_seq):
    longest_seq == ref_seq
    shortest_seq == map_seq
#adding on characters to shortest sequence to make sequences same length
x = len(longest_seq) - len(shortest_seq)
shortest_seq += ("$" * x)

#printing out sites with gaps or unknown bases
print "sites with gaps or unknown bases"
for i in range(len(longest_seq)):   
    if longest_seq[i] == "-" or "?":
        print (i+1), longest_seq[i], shortest_seq[i]
    elif shortest_seq[i] == "-" or "?":
        print (i+1), longest_seq[i], shortest_seq[i]

我的代码打印出所有网站，而不仅仅是网站是“？”的地方或者 ”-”。有人可以解释我如何编辑我的代码，以便只有带有“？”的网站吗？或“-”被打印？

第一段代码工作正常，但我包括解释我正在使用的变量，问题在 #printing out sites with gaps or unknown bases 之后开始。

我是初学者，所以解释确实可以帮助我提高。我认为这可能与我的 for 循环中的“if”elif“有关，但我不确定。

Answer 1

您的问题只是在您的 if 命令中缺少括号，以及对 or 运算符的误解，因为 或“?” 始终为真，无论左侧是什么。

为了清楚起见，您的命令应该如下所示

if (longest_seq[i] == "-") or (longest_seq[i] == "?"):

---

不过，我认为你仍然可以做一些改进。

最明显的事情之一是:不要在 python 中执行 for x in range(len(whatever))。为此，您有 enumerate。试试看 - 您会爱上它的。
另一个有用的东西是 zip 和 in 操作符，所以我觉得你的代码应该写成这样更好

ref_seq = "AGGTCATCAGGGAAA??TCTAGAACCC"
map_seq = "AGGTCTTCAAAAAAAGG---G"

for i, (r, m) in enumerate(zip(ref_seq, map_seq)):   
    if (r in "-?") or (m in "-?"):
        print (i+1), r, m