我有一个用于 Python 的 C 扩展模块,它使用函数 _xdr_read_xtc 读取 xtc 轨迹。
该模块毫无问题地内置到 .so 库中,并且大部分时间都运行良好。但是,有时我会收到“段错误(核心已转储)”。
static PyObject * _xdr_read_xtc(PyObject *self, PyObject *args)
{
int natoms;
XDRFILE *xd;
xd = (XDRFILE *) malloc(sizeof(XDRFILE));
if (xd == NULL){
return NULL;}
XDRFILE *dummy;
dummy = xd;
if (!PyArg_ParseTuple(args, "ii", &xd, &natoms)){
return NULL;
}
free(dummy);
int step = 0;
float time;
float prec;
matrix box;
rvec *x;
x = malloc(natoms * sizeof(*x));
if (x == NULL){
return NULL;}
// read frame
int status = read_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec);
if (status == 0 | status == 11){
npy_intp dims[2]= {natoms, 3};
PyArrayObject *matout = (PyArrayObject *) PyArray_SimpleNewFromData(2, dims, NPY_FLOAT, x);
PyArray_ENABLEFLAGS(matout, NPY_ARRAY_OWNDATA);
PyObject *Frame = Py_BuildValue("Oii", matout, status, step);
Py_DECREF(matout);
return Frame;
}
else{
free(x);
return NULL;
}
}
当使用 Valgrind 进行调试时,我得到“进程以信号 11 (SIGSEGV) 的默认操作终止”。访问不在地址 0x195688988' 的映射区域内:
int status = read_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec);
代码有什么明显的错误吗?也许是一个无效的指针?或者可能是内存问题?
谢谢!
最佳答案
您在 xd
中分配内存来保存 XDRFILE
。然后将xd
移动到dummy
,解析一个整数(文件句柄?)并放入xd
/dummy
.然后通过释放 dummy
来释放 xd
。然后你调用 read_xtc(xd, ...
它将访问空闲的内存。如果你的内存分配器决定释放那个页面,你会得到一个 SIGSEGV。
将 free(dummy)
移动到您实际上不再需要内存的地方。
关于linux - Python 的 C 扩展中的 SIGSEGV,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/44796899/