我想对我的 Gibbs 采样使用 Adaptive Metropolis 拒绝采样 (AMRS)。我可以直接在 R 中使用包 HI 并使用该算法。但是，由于我的参数太多，在 R 的循环中一个一个地采样是相当慢的。所以我正在考虑用 Rcpp 编写整个采样部分。问题是如何在Rcpp中使用AMRS功能。一种选择是找到一种在 Rcpp 中使用 R 函数的方法，但它会很慢。然后在页面中找到了原来的C代码
[1]:AMRS http://www1.maths.leeds.ac.uk/~wally.gilks/adaptive.rejection/web_page/Welcome.html
所以问题变成了如何将 C 代码与 Rcpp 集成。当我搜索“在 C++ 中调用 C”时，这些都是关于先编译 C，然后是 C++，然后是链接。但是我不知道如何在 Rcpp 中执行此操作，因为编译是在我使用 SourceCpp 时发生的。任何人都可以给我一些建议如何实现这一目标？
最佳答案
查看如何 HI实现了 C code in their package .
具体来说，您应该实现自己的版本:
SEXP arms(SEXP bounds, SEXP myldens, SEXP yprev, SEXP size, SEXP rho);
在 https://github.com/cran/HI/blob/master/src/arms-R.c#L86-L172 中给出
在这种情况下，您应该选择将 SEXP 对象替换为适当的 Rcpp 数据类型:
/* bounds : boundaries of the support of the density */
/* myldens : R function to evaluate log density */
/* yprev : previous value from markov chain */
/* size : number of sampled values to be obtained */
/* rho : R environment in which the logdensity is evaluated */
注意:实现应该是基于包的而不是使用sourceCpp()
关于c++ - 将 Rcpp 与 C 代码链接起来以进行自适应大都会拒绝采样，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/37605426/