python - 批处理 : GNU-make, Snakemake 还是什么？

Question

我需要通过将目录中的一组文件传递给 matlab 或 python 脚本来处理它们。

对于目录中的每个输入文件 FileName.IN，我需要获取一个输出文件 FileName.OUT。

解决方案是 Python 还是 bash 脚本并不重要。

为了实现我的目标，我尝试了 GNU Make(或 Python Snakemake)，但我有点坚持不懈。 看起来我可以说 GNU Make 要做: “嘿，对于每个输出(目标)文件 FileName.out 搜索相应的 FileName.IN(先决条件)”。

然而我想做的恰恰相反，如前所述。

• make(或snakemake)是正确的选择吗？
• 您还有什么建议？

我的 makefile 代码看起来像这样，但它不能完成工作(我是 GNU make 的新手):

in_files = *.IN
out_files = *.out
$(out_files) : $(in_files)
    matlab -nosplash -nodesktop -r "a_matlab_function('$<','$@')"

Answer 1

我对 Snakemake 一无所知，但在 GNU Make 中你可以将 in_files 转换为 out_files:

in_files = $(wildcard *.IN)
out_files = $(in_files:.IN=.out)

然后你制作一个依赖于所有输出的虚拟目标:

all: $(out_files)
.PHONY: all

最后是从一个输入创建一个输出的规则:

%.out: %.IN
    matlab -nosplash -nodesktop -r "a_matlab_function('$<','$@')"