我试图计算一长串序列之间成对差异的数量，并将其放回矩阵形式。这是我想做的一个玩具示例。
library(MiscPsycho)
b <- c("-BC", "ACB", "---") # Toy example of sequences
workb <- expand.grid(b,b)
new <- c(1:9)
# Need to get rid of this for loop somehow
for (i in 1:9) {
new[i] <- stringMatch(workb[i,1], workb[i,2], normalize="NO")
}
workb <- cbind(workb, new)
newmat <- reShape(workb$new, id=workb$Var1, colvar=workb$Var2)
a <- c("Subject1", "Subject2", "Subject3") #Relating it back to the subject ID
colnames(newmat) <- a
rownames(newmat) <- a
newmat
我不太熟悉使用 apply 函数，但我想用它来替换 for 循环，考虑到我有大量序列，for 循环可能会变慢。 (stringMatch 函数来自 MiscPsycho)。请告诉我如何提高效率!
非常感谢!
最佳答案
为了获得这些“成对距离”，我会这样做:
Vm <- Vectorize(stringMatch)
nex <- outer(b,b, FUN=Vm, normalize = "NO")
nex
[,1] [,2] [,3]
[1,] 0 3 2
[2,] 3 0 3
[3,] 2 3 0
关于r - 如何使用 apply 而不是 for 循环来实现 stringMatch 函数？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/11107097/