r - 如何根据模式匹配在 R 中为数据点着色？

Question

我有一个具有以下形式的数据框:

             V1 V2                       V3          V4       V5         V6       V7           V8
1 0610007C21Rik  -   chr5:31351012-31356737 1.33732e-05 0.752381  0.9965090 0.000000 1.777419e-05
2 0610007L01Rik  - chr5:130695613-130717165 1.67168e+00 1.673120  0.0000000 3.453930 4.997847e-01
3 0610007P08Rik  -  chr13:63916627-64000808 7.06033e-01 0.000000  0.0815767 0.318051 1.000000e+00
4 0610007P14Rik  -  chr12:87157066-87165495 0.00000e+00 0.000000  0.0000000 5.494230          NaN
5 0610007P22Rik  -  chr17:25377114-25379603 4.99696e+00 0.908254  0.9076130 3.639250 8.461946e-01
6 0610009B22Rik  -  chr11:51499151-51502136 6.53363e-01 8.500980 13.5797000 0.000000 7.137192e-02

我正在使用以下命令绘制 log2(V4) 与 log2(V5) 的图:

plot(log2(df[,4]) ~ log2(df[,5]), xlim=c(0,10), ylim=c(0,10))

我想根据 V1 中的模式匹配为点着色。例如，如何将 0610007C21Rik 和 0610007L01Rik 着色为绿色，以及 0610007P22Rik 和 0610007P14Rik 着色为红色？ 我尝试过向数据框中添加指定颜色的另一列，但必须有一种更简单的方法。

Answer 1

这是一个基本的 R 解决方案:

为 df$V1 的每个唯一值将颜色列表定义为命名向量一次。请注意每个要着色的点名称周围的 ""。

col.list <- c(
              "0610007C21Rik"="green",
              "0610007L01Rik"="green",
              "0610007P22Rik"="red",
              "0610007P14Rik"="red"
             )

然后使用 df$V1 进行绘图，以查找刚刚定义的 col.list 向量中的值。

plot(
     log2(df[,4]) ~ log2(df[,5]), 
     xlim=c(0,10),
     ylim=c(0,10),
     col=col.list[paste(df$V1)]
    )

要解决下面OP的评论，请在plot调用中使用它:

... col=ifelse(df$V1 %in% names(col.list),col.list[paste(df$V1)],"black")

这使得完整的调用看起来像:

plot( 
      log2(df[,4]) ~ log2(df[,5]),
      xlim=c(0,10),
      ylim=c(0,10),
      col=ifelse(df$V1 %in% names(col.list),col.list[paste(df$V1)],"black")
    )