我正在尝试针对 NCBI 数据库爆破 8 聚体(长度为 8 的字符串)。然而，每当我使用 qblast 时，它的匹配结果都是空的。这是我的代码:
from Bio.Blast.NCBIWWW import qblast
import Bio.Blast.NCBIXML as parser
a = qblast('blastp','nr','GGMPSGCS')
b = parser.read(a)
print b.alignments`
每当我这样做时，它只会打印空列表 []。为什么会发生这种情况？有人能照亮它吗？
我可以使用 NCBI 在线 BLAST 工具获得匹配，如果我使用更长的 kmer(例如“SSRVQDGMGLYTARRVR”)，我什至可以获得匹配。碰巧我搜索的所有 8 聚体都为空。
最佳答案
摘自常见问题解答 http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
Why doesn’t Bio.Blast.NCBIWWW.qblast() give the same results as the NCBI BLAST website? You need to specify the same options – the NCBI often adjust the default settings on the >website, and they do not match the QBLAST defaults anymore. Check things like the gap >penalties and expectation threshold.
检查 qblast 是否使用相同的默认值，如果不确定，请将其明确化。如果它正在执行某种“读短”过滤步骤，我不会感到惊讶。
关于biopython qblast函数没有返回数据，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/11529471/