我没有 Perl 经验,因此很难解决此错误。任何帮助表示赞赏。脚本如下(第40行报告问题,粗体):
#! /usr/bin/perl
print "Please enter filename (without extension): ";
$input = <>;
chomp ($input);
print "Please enter total no. of sequence in fasta file: ";
$orig_size= <>*2-1;
chomp ($orig_size);
open (INFILE, "$input.fasta") or die "Error opening input file for shuffling!";
open (SHUFFLED, ">"."$input"."_shuffled.fasta") or die "Error creating shuffled output file!";
@array = (0); # Need to initialise 1st element in array1&2 for the shift function
@array2 = (0);
$i = 1;
$index = 0;
$index2 = 0;
while (my @line=<INFILE>){
while ($i<=$orig_size) {
$array[$i] = $line[$index];
$array[$i]=~ s/(.)\s/$1/seg;
$index++;
$array2[$i] = $line[$index];
$array2[$i]=~ s/(.)\s/$1/seg;
$i++;
$index++;
}
}
my $array = shift (@array);
**my $array2 = shift (@array2);**
for ($i = $header_size; --$i; ) {
my $j = int rand ($i+1);
next if $i == $j;
@array[$i,$j] = @array[$j,$i];
@array2[$i,$j] = @array2[$j,$i];
}
while ($index2<=$header_size) {
print SHUFFLED "$array[$index2]\n";
print SHUFFLED "$array2[$index2]\n";
$index2++;
}
close(INFILE);
close(SHUFFLED);
最佳答案
错误:
Modification of non-creatable array value attempted
如上所述here :
You tried to make an array value spring into existence, and the subscript was probably negative, even counting from end of the array backwards.
让我相信你计算的行数是错误的,它指的是这个 block :
for ($i = $header_size; --$i; ) {
这意味着您的循环已经进行得太远,并且 $i
已变为负数,并且超出了数组的大小。其原因是 $header_size
未定义(转换为零)。附带说明一下,如果您使用了正确的 for 循环,则不会存在此问题:
for ($i = $header_size; $i >= 0; $i--)
或者更好的是,perl 风格的循环:
for my $i (0 .. $header_size)
即使这会以相反的顺序迭代,在这种情况下也没关系。
你的代码对我来说有点难以辨认,但我认为这个 block 是为了洗牌你的数组。为此,最好使用 List::Util 中的 shuffle
函数。模块。它是 perl v5.7.3 以来的核心模块。例如
use List::Util qw(shuffle);
...
my @shuffled_indexs = shuffle 0..$#array;
@array = @array [@shuffled_indexes];
@array2 = @array2[@shuffled_indexes];
值得重复的是,在不使用的情况下编写代码
use strict;
use warnings;
确实是一个非常糟糕的主意。它将允许无提示的错误和拼写错误,并且会使您的调试变得更加困难。
关于perl - 尝试修改不可创建的数组值,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/12357588/