我正在寻找一个用于蛋白质折叠(CUDA/OpenCL)的开源 GPGPU 项目。您能给我一些建议吗？
谢谢
最佳答案
Folding@home 可能是迄今为止最大的基于 GPU 的蛋白质折叠项目。所以你可能会很好地使用他们使用的任何东西:Folding@home open source FAQ 。这似乎是 Gromacs 的自定义版本和 OpenMM .
此类软件的完整列表如下:Molecular modeling on GPUs 。除了 GROMACS/OpenMM 之外，著名的软件包还包括 NAMD(自 1995 年以来一直存在)和 ACEMD。
这些可以分为分子动力学(使用经验势场)、从头算(使用量子力学)和混合动力学。这些都不是特定于蛋白质折叠的，但大多数分子动力学包可以处理蛋白质折叠大小的问题。 ab-initio 包还没有出现，但已经很接近了。
关于open-source - 用于蛋白质折叠的开源 GPGPU 项目，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/13208522/