我有一个包含 24 个 TraMineR 序列对象的列表。现在我想计算每个序列对象的最佳匹配距离(仅在每个对象内)并将其存储在一个新列表中，该列表现在由 24 个 OM 距离对象(距离矩阵)组成。
数据集可以在 here 找到.
library(TraMineR)
sequences <- read.csv(file = "event-stream-20-l-m.csv", header = TRUE, nrows=10)
repo_names = colnames(sequences)
# 1. Loop across and define the 24 sequence objects & store them in sequence_objects
colpicks <- seq(10,240,by=10)
sequence_objects <- mapply(function(start,stop) seqdef(sequences[,start:stop]), colpicks- 9, colpicks)
# 2. Calculate the costs for OM distances within each object
costs <- mapply(seqsubm(sequence_objects, method="TRATE"))
# 3. Calculate the OM distance objects for each sequence object
sequences.om <- seqdist(sequence_objects, method="OM", indel=1, sm=costs, with.missing=FALSE, norm="maxdist")
步骤(1)工作正常，但是当我进行到步骤(2)时，它告诉我:
Error in seqsubm(sequence_objects, method = "TRATE") :
[!] data is NOT a sequence object, see seqdef function to create one
这是很自然的，因为 sequence_objects 不是一个序列对象，而是一个序列对象列表。
如何将 seqsubm 函数应用于序列对象列表？
最佳答案
我不熟悉 TraMineR 包，但看起来您正在尝试迭代 sequence_objects 的元素。
maply 用于同时迭代多个对象。
相比之下，lapply 用于迭代单个对象。
因此，以下方法可能适合您:
costs <- lapply(sequence_objects, seqsubm, method="TRATE")
关于r - 循环遍历列表中的序列对象？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/15839403/