r - R 中的曼特尔测试

Question

我正在尝试在 R 中对两个距离(地理距离和遗传距离)运行 Mantel 测试。

数据以 2 列保存在 Excel 文件中；每行都有 2 个种群之间的地理距离和遗传距离。

我正在运行以下命令，由于某种原因，该命令返回错误

mantel.rtest(mydata$Dis, mydata$Fst, nrepet = 99)

错误信息如下:

Error in mantel.rtest(mydata$Time, mydata$Fst, nrepet = 99) : 
  Object of class 'dist' expected

希望得到任何反馈。

Answer 1

您必须将数据转换为 dist() 数据。 dis.dist<-dist(mydata$Dis) 和 fst.dist<-dist(mydata$Fst)，然后使用 dist 值运行 mantel.rtest。