r - R 中的共现图

Question

我对 R 非常陌生。我有一个 csv 文件，看起来像

A   B   C   D
A1   a   v   a
A2   v   v   a
A3   a   a   a

我想使用它制作一个共现图，但我不知道当输入有字符而不是数字时如何绘制它。

我尝试使用一些软件包(我无法让它们中的任何一个工作)，其中一个是cooccurr。它给了我以下错误“rowSums(spp_site_mat，na.rm = T)中的错误:'x'必须是数字”。 如果您向我指出任何有用的内容或提供任何代码建议，我将非常感激。

编辑:

行将具有 A 列的值，列将是其相应的值，“a”和“v”如 link 所示。 .

此外，我有数百列，因此我无法使用 as.numeric(table$B) 将每一列更改为数字

Answer 1

您可以表格每一行来计算唯一值，然后使用rbind.fill形成一个矩阵。然后，您可以使用 geom_tile 添加计数作为标签进行绘图。

# your data
dat <- read.table(text="A   B   C   D
A1   a   v   a
A2   v   v   a
A3   a   a   a", header=TRUE)


library(plyr)
library(ggplot2)
library(reshape2)

# transform your data 
mat <- rbind.fill.matrix(apply(dat[-1], 1, function(i) t(as.matrix(table(i)))))
mat[is.na(mat)] <- 0
rownames(mat) <- dat$A

# plot   
ggplot(melt(mat), aes(Var2, Var1, fill=value)) + 
                 geom_tile() +
                 scale_fill_gradient(limits=c(0,3), low="white") +
                 geom_text( aes(label=value))

编辑

关于代码

mat <- rbind.fill.matrix(apply(dat[-1], 1, function(i) t(as.matrix(table(i)))))

从内部开始

apply(dat[-1], 1, function(i) t(as.matrix(table(i))))

apply 和 MARGIN = 1 将函数应用于数据行(不包括第一列)。该函数的目的是将每行的值制成表格。 as.matrix 用于更改输出的格式，t(转置)用于更改矩阵的方向。 (很可能是一种更简洁的方法)

由于每行中可能不存在相同的值(第 3 行没有 v)，因此所有值都不会在每个表中表示 - 因此 rbind 将不起作用。 plyr 包中的 rbind.fill 用 NA 填充。

下面用零替换缺失的 (NA)

mat[is.na(mat)] <- 0