perl - 将 FILE1 值与 FILE2 范围进行比较并打印匹配项

Question

我对 Perl 非常陌生，正在大学从事生物信息学项目。我有 FILE1 包含职位列表，格式为:

99269
550
100
126477 
1700

FILE2 的格式为:

517 1878 forward
700 2500 forward
2156 3289 forward
99000 100000 forward
22000 23000 backward 

我想将 FILE1 中的每个位置与 FILE2 上值的每个范围进行比较，如果某个位置落入其中一个范围，那么我想打印位置、范围和方向。

所以我的预期输出是:

99269 99000 100000 forward
550 517 1878 forward
1700 517 1878 forward 

目前它运行时不会出现错误，但是它不会输出任何信息，所以我不确定我哪里出了问题!当我分割最终的“if”规则时，它会运行，但只有当位置与范围完全相同时才会起作用。

我的代码如下:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $outputfile = "/Users/edwardtickle/Documents/CC22CDS.txt";

open FILE1, "/Users/edwardtickle/Documents/CC22positions.txt"
    or die "cannot open > CC22: $!";

open FILE2, "/Users/edwardtickle/Documents/CDSpositions.txt"
    or die "cannot open > CDS: $!";

open( OUTPUTFILE, ">$outputfile" ) or die "Could not open output file: $! \n";

while (<FILE1>) {
    if (/^(\d+)/) {
        my $CC22 = $1;

        while (<FILE2>) {
            if (/^(\d+)\s+(\d+)\s+(\S+)/) {
                my $CDS1 = $1;
                my $CDS2 = $2;
                my $CDS3 = $3;

                if ( $CC22 > $CDS1 && $CC22 < $CDS2 ) {
                    print OUTPUTFILE "$CC22 $CDS1 $CDS2 $CDS3\n";
                }
            }
        }
    }
}

close(FILE1);
close(FILE2);

我已经发布了same question on Perlmonks .

Answer 1

因为只有当 FILE2 与 FILE1 的第一行进行比较时，您才读取 FILE2

后续行与关闭的文件进行比较

将 FILE1 中的行存储在数组中，然后将 FILE2 中的每一行与每个数组条目进行比较，如下所示

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $outputfile = "out.txt";

open FILE1, "file1.txt"
    or die "cannot open > CC22: $!";

open FILE2, "file2.txt"
    or die "cannot open > CDS: $!";

open( OUTPUTFILE, ">$outputfile" ) or die "Could not open output file: $! \n";
my @file1list = ();

while (<FILE1>) {
    if (/^(\d+)/) {
        push @file1list, $1;
    }
}

while (<FILE2>) {
    if (/^(\d+)\s+(\d+)\s+(\S+)/) {
        my $CDS1 = $1;
        my $CDS2 = $2;
        my $CDS3 = $3;

        for my $CC22 (@file1list) {
            if ( $CC22 > $CDS1 && $CC22 < $CDS2 ) {
                print OUTPUTFILE "$CC22 $CDS1 $CDS2 $CDS3\n";
            }
        }
    }
}

(该程序还存在风格问题(例如变量的大写字母)，但我忽略了这些，对于初学者来说这是一个非常好的程序)