r - 创建二次矩阵，其中下三角作为热图，上三角字符数据

Question

我有以下(示例)数据，我想绘制它们: matrix(c("Variable1",0.4,0.5,"string1","Variable2",0.3, "string2","string3","Variable3"),ncol=3)

我想用数字 0.4,0.5,0.3 创建热图矩阵并使用下三角:

  numeric<- matrix(c(1,0.4,0.5,0.4,1,0.3,0.5,0.3,1),ncol=3)
  require(graphics)
  require(grDevices)
  library(colorRamps)

  library(lattice)
  x <- seq(pi/4, 5*pi, length.out=10)
  y <- seq(pi/4, 5*pi, length.out=10)
  grid <- expand.grid(X=x, Y=y)

   myPanel <- function(x, y, z, ...) { 
   panel.levelplot(x,y,z,...)
   panel.text(x, y, round(z,2),cex=0.578,...)}
  levelplot(numeric,panel=myPanel)

在包括热图对角线的上三角形上，我想要有字符，其值 "string1", "string2", "string3", "Variable1", "Variable2", "Variable3"在与给定矩阵相同的网格位置上!

我想到以某种方式创建一个网格并使用 image()图形包的功能可以为数字着色，但这对我不起作用。

你有一个简单而优雅的函数，只需要给定的矩阵作为输入吗？

Answer 1

您可以尝试ComplexHeatmap您可以通过它自定义热图主体的包:

首先创建一个对称矩阵:

set.seed(123)
mat = matrix(rnorm(100), 10)
colnames(mat) = letters[1:10]

mat2 = cor(mat)

对行和列进行聚类并调整顺序:

od = hclust(dist(mat2))$order
mat2 = mat2[od, od]

现在我们可以自定义热图了。在以下代码中，col 控制如何将值映射到颜色。 由于已经应用了聚类，因此我们将 cluster_rows 和 cluster_columns 设置为 FALSE。 当 gpar() 中的 type 设置为 none 时，热图会被初始化，但不会添加任何内容， 然后我们可以使用自定义函数cell_fun向其中添加图形。

cell_fun 将应用于热图中的每个小网格。 在 cell_fun 中，有七个参数:

• j:mat2 中的列索引
• i:mat2 中的行索引
• x:绘图上的位置
• y:绘图上的位置
• w:当前网格的宽度
• h:当前网格的高度
• col:当前网格的填充颜色

使用Heatmap()生成最终的热图:

Heatmap(mat2, col = colorRamp2(c(-1, 0, 1), c("green", "white", "red")),
    cluster_rows = FALSE, cluster_columns = FALSE,
    heatmap_legend_title = "cor", rect_gp = gpar(type = "none"), 
    cell_fun = function(j, i, x, y, w, h, col) {
        if(i > j) {
            grid.rect(x, y, w, h, gp = gpar(fill = col))
        } else if(j == i) {
            grid.text(labels[i], x, y)
        } else {
            grid.text(sprintf("%.2f", mat2[i, j]), x, y)
        }
        grid.rect(x, y, w, h, gp = gpar(fill = NA, col = "black"))
    })