r - 从多个数据集 R 中提取坐标

Question

我发现使用从 shapefile 获得的特定地理区域从多个数据帧中提取具有经度和纬度坐标的栅格值时存在问题。所有的地理区域都在不同的范围内，并且都有相应的坐标数据出现数据框。 我尝试使用光栅包中的蒙版函数:

首先 - 将 shapefile、栅格图层和数据帧加载为列表

shp<-list.files(pattern = "shp")
shape<-lapply(shp,readShapeSpatial,proj4string=CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84"))

rastFiles<-list.files(pattern="bil") #List of bioclimatic variables 
layers<-stack(rastFiles)

oco<-list.files(pattern = ".csv")
oco<-lapply(oco,read.table,header=T,sep = ",")
oco<-lapply(oco,"[", c(6,5))
y<-lapply(oco, na.omit)

第二 - 操作 shapefile、裁剪栅格图层并创建具有我需要的地理扩展的蒙版。

p<- lapply(shape, function(i) {
    i[i@data$ORIGIN==1,] #specifying the region of shapefile
    p1<-SpatialPolygons(i@polygons,proj4string=i@proj4string) #transform specific region in shapefile
    nr<-crop(layers,extent(p1)) #crop raster stack with polygons extent
    m<-mask(nr,p1) #raster mask using poligon as model
    })

结果，对象“p”是包含 RasterBrick 对象的列表。为了从每个数据帧中提取单元格值坐标，我尝试了

value<-lapply(p,extract,y)

控制台返回给我:

Error in round(y) : non-numeric argument to mathematical function

检查“p”的结构后，我发现栅格值不可用:

.. ..@ data    :Formal class '.MultipleRasterData' [package "raster"] with 14 slots
.. .. .. ..@ values    : int [1:99660, 1:20] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...

但是，我可以使用列表运算符在光栅堆栈中一一提取数据帧值:

extract(nat[[1]],y[[1]])

通过这种方式，我试图理解为什么我的值的 lapply 函数不起作用。

感谢您的帮助!

Answer 1

只要看看你的最后一行代码，我假设你想在 nat 和 y 的第一个元素上应用相同的函数(extract) ，然后是两者的第二个元素，等等。这就是 mapply 所做的。因此，您的代码将如下所示:

mapply(extract, nat, y)