r - 如何编写一个循环来运行两列数据框的卡方？

Question

我有这个数据框:

pb2 <- read.table(header=T, text="
    PT1     PT2
1   0        13
2   4636    4623
3   2        11
4   4634    4625
5   3        11
6   4633    4625
7   2        17
8   4634    4619
9   6        25
10  4630    4611")

我想运行几个卡方检验并按如下方式提取 p 值，但显然以更有效的方式，例如使用循环:

 tests <- list()
 tests[[1]] <- chisq.test(pb2[c(1,2),], correct=F,simulate.p.value =T,B = 10000)
 tests[[2]] <- chisq.test(pb2[c(3,4),], correct=F,simulate.p.value =T,B = 10000)
 tests[[3]] <- chisq.test(pb2[c(5,6),], correct=F,simulate.p.value =T,B = 10000)
 tests[[4]] <- chisq.test(pb2[c(7,8),], correct=F,simulate.p.value =T,B = 10000)
 tests[[5]] <- chisq.test(pb2[c(9,10),], correct=F,simulate.p.value =T,B = 10000)
pb3 <- sapply(tests, function(x) {
   c(p.value = x$p.value)
 })

 pb4<-as.data.frame(pb3)

如果您能向我展示如何为此过程创建一个循环，我真的很感激。

Answer 1

您可以将数据框拆分为每两行，然后使用 lapply 循环遍历数据框列表并执行 chi-square.test:

lapply(split(pb2, (1:nrow(pb2) - 1)%/%2), 
    function(data) chisq.test(data, correct = F, simulate.p.value = T, B = 10000)$p.value)

# $`0`
# [1] 0.00029997

# $`1`
# [1] 0.01989801

# $`2`
# [1] 0.05649435

# $`3`
# [1] 0.00089991

# $`4`
# [1] 0.00149985