r - 特定值的 Pheatmap 颜色

Question

我对 R 非常陌生，最近我一直在使用 pheatmap 库来生成热图。我的问题是我想以特定的方式为我的热图着色。我将在下面描述:

1. 值<1应该是色带(例如深蓝色到浅蓝色)
2. 精确等于 1 的值应为深灰色
3. 值 > 1 应该是色带(例如，深红色到浅红色)

我已经尝试过使用各种调色板的 breaks 参数和 color 参数，但我似乎无法找到一个好的解决方案。我最接近的是这样的:

pheatmap(mtx, 
     color =  c('#4444FF','#F4FF4F','#FF4444'), 
     breaks = c(0,1,2,3), 
     legend_breaks = c(0,1,2) )

但这不允许范围可视化，即 0.1 看起来应该与 0.9 看起来不同，即使它们都应该是蓝色的。有人可以提供建议或建议吗？我确实看过This ticket并考虑将 1 更改为 NA，但这对我来说有点太复杂了。更不用说我必须关闭 pheatmap 的聚类，这不是我想要做的事情。谢谢!

Answer 1

您无法设置特定值的颜色，但可以选择非常小的范围，例如[0.999,1.001]

您应该为问题中提到的范围设置分隔符，然后相应地分配颜色；

library(pheatmap)
bk1 <- c(seq(-2,0.9,by=0.1),0.999)
bk1 <- c(1.001,seq(1.1,3,by=0.1))
bk <- c(bk1,bk2)  #combine the break limits for purpose of graphing

my_palette <- c(colorRampPalette(colors = c("darkblue", "lightblue"))(n = length(bk1)-1),
              "gray38", "gray38",
              c(colorRampPalette(colors = c("darkred", "tomato1"))(n = length(bk2)-1)))

pheatmap(df, color = my_palette, breaks = bk, scale = "none", 
             cluster_rows = F, cluster_cols = F, margin = c(5,5))

我使用 rnorm.within 制作了一个示例数据集:

   #V1 is random between -2 and 3 
   #V2 is equal to 1
   #V3 is random between 0 and 3

   df <- cbind(rnorm.within(1000, -2, 3),rep(1,1000), rnorm.within(1000,0,3))

这将是上面创建的数据的热图；