r - 使用 R 中的自动绘图 (ggfortify) 绘制主成分 3,4

Question

我一直在尝试使用 autoplot (在 ggfortify R 包中)在 PCA 坐标中绘制数据点。对于数据矩阵 D2，

autoplot(prcomp(D2),colour=color_codes)

只要在主成分 1+2 的空间中生成点散点图，效果就很好。然而，PCA 分量 1+2 只能解释大约 30% 的协方差，我想对 PCA 1+3、2+3 和 3+4 等做同样的事情。autoplot 中是否有一个简单的参数可以解释让我这样做，如果没有，我可以使用的最简单的函数是什么？

此外，是否有某种方法可以使用自动绘图来计算和添加质心？

Answer 1

来自 ?autoplot.prcomp:
自动绘图(对象，数据 = NULL，比例 = 1，x = 1，y = 2，...)
其中:
x = x 轴使用的主成分编号 和
y = y 轴使用的主成分编号

因此，如果您需要绘制 PC2 与 PC3 的图并添加质心:

library(ggfortify)
set.seed(1)
D2 <- matrix(rnorm(1000),ncol=10)

prcmp <- prcomp(D2)
pc.x <- 2
pc.y <- 3
cnt.x <- mean(prcmp$x[,pc.x])
cnt.y <- mean(prcmp$x[,pc.y])
autoplot(prcmp, x=2, y=3) +
  geom_point(x=cnt.x, y=cnt.y, colour="red", size=5)