我正在尝试使用phaseR包在R中绘制二维相图。这是我想要做的一个例子:
有效的示例
library(phaseR)
lotkaVolterra <- function(t, y, parameters) {
x <- y[1]
y <- y[2]
lambda <- parameters[1]
epsilon <- parameters[2]
eta <- parameters[3]
delta <- parameters[4]
dy <- numeric(2)
dy[1] <- lambda*x - epsilon*x*y
dy[2] <- eta*x*y - delta*y
list(dy)
}
然后当我绘制它时我得到了
lotkaVolterra.flowField <- flowField(lotkaVolterra, x.lim = c(0, 5), y.lim = c(0, 10), parameters = c(2, 1, 3, 2), points = 19, add = FALSE)
grid()
lotkaVolterra.nullclines <- nullclines(lotkaVolterra, x.lim = c(-1, 5), y.lim = c(-1, 10), parameters = c(2, 1, 3, 2), points = 500)
y0 <- matrix(c(1, 2, 2, 2, 3, 4), ncol = 2, nrow = 3, byrow = TRUE)
lotkaVolterra.trajectory <- trajectory(lotkaVolterra, y0 = y0, t.end = 10, parameters = c(2, 1, 3, 2), colour = rep("black", 3))
这是我得到的情节:
问题
当我尝试对方程执行相同操作时,向量空间并未出现:
WalpeFun <- function(t, y, parameters) {
x <- y[1]
y <- y[2]
k <- parameters[1]
z <- parameters[2]
w <- parameters[3]
b <- parameters[4]
d <- parameters[5]
v <- parameters[6]
a <- parameters[7]
g <- parameters[8]
l <- parameters[9]
e <- parameters[10]
dy <- numeric(2)
dy[1] <- 2.5*(1-(x/k)^z)+g*l+w*e - b*(x*y/d^2+y^2)
dy[2] <- 2.5 * (1 - (y/x + v)^a)
list(dy)
}
Walpe.flowField <-flowField(WalpeFun, x.lim = c(0, 150), y.lim = c(-1, 50), parameters = c(120.73851, 0.51786, -0.75178, 0.00100, 1.00000, 500, 0.001, 0.01102, 320.995455, 5.582273) , points = 20, add = FALSE)
grid()
Walpe.nullclines <-nullclines(WalpeFun, x.lim = c(0, 150), y.lim = c(-1, 50), parameters = c(120.73851, 0.51786, -0.75178, 0.00100, 1.00000, 500, 0.001, 0.01102, 320.995455, 5.582273))
y0 <- matrix(c(8.2, 2), ncol = 2, nrow = 1, byrow = TRUE)
Walpe.trajectory <-trajectory(WalpeFun, y0 = y0, t.end = 100, parameters = c(120.73851, 0.51786, -0.75178, 0.00100, 1.00000, 500, 0.001, 0.01102, 320.995455, 5.582273),system = "two.dim", colour = "black")
我得到了这个非常不同的情节:
并出现以下错误:
Error in if ((dx[i, j] != 0) & (dy[i, j] != 0)) { : missing value where TRUE/FALSE needed
我不明白为什么矢量不显示,或者为什么蓝色零斜线丢失
最佳答案
从数学上讲,您的 x.lim 范围超出了函数可以取值的域。由于 dy[2] 表达式其中一项的分母为 x,因此该函数在 x == 0
处爆炸。然后 dy[]
中会有一个 NA - 功能代码内部的矩阵。 (有一点不明确,因为您的 dy
对象是一个 2 元素向量,而查看代码时,计算结果存储在名为 dx
和 dy
的二维矩阵中。)
flowField #look at the code
png()
Walpe.flowField <-flowField(WalpeFun, x.lim = c(0.01, 150), y.lim = c(-1, 50), parameters = c(120.73851, 0.51786, -0.75178, 0.00100, 1.00000, 500, 0.001, 0.01102, 320.995455, 5.582273) , points = 20, add = FALSE, system="two.dim")
Walpe.nullclines <-nullclines(WalpeFun, x.lim = c(0.01, 150), y.lim = c(-1, 50), parameters = c(120.73851, 0.51786, -0.75178, 0.00100, 1.00000, 500, 0.001, 0.01102, 320.995455, 5.582273))
y0 <- matrix(c(8.2, 2), ncol = 2, nrow = 1, byrow = TRUE)
Walpe.trajectory <-trajectory(WalpeFun, y0 = y0, t.end = 100, parameters = c(120.73851, 0.51786, -0.75178, 0.00100, 1.00000, 500, 0.001, 0.01102, 320.995455, 5.582273),system = "two.dim", colour = "black")
dev.off()
我不知道为什么零斜线没有出现,但我猜这个函数有一些我们都不理解的特征。
关于r - 在 R 包 PhaseR 中绘制 ODE 相位 potriat 时出错,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/48966280/