使用 purrr 在一个数据集上运行多个 chisq 测试

Question

我对 R 世界还很陌生。我有以下测试数据:

A<-tibble(parasite=sample(0:1,10,rep=TRUE),L1=sample(0:1,10,rep=TRUE),
L2=sample(0:1,10,rep=TRUE),L3=sample(0:1,10,rep=TRUE), 
L4=sample(0:1,10,rep=TRUE))

看起来像:

   parasite L1 L2 L3 L4 
1         0  0  1  0  0 
2         1  0  1  1  1 
3         1  1  1  0  1 
4         0  1  1  1  0 
5         1  1  1  1  0 
...10 rows total 

我想做的是运行 4 个 chisq 测试:

1.寄生虫 vs L1

2.寄生虫 vs L2

3.寄生虫 vs L3

4.寄生虫 vs L4

然后，我想生成一个摘要标题，其中列出了测试的每个表的 Y 分量(L1、L2...)、chisq 值和 p 值(四舍五入到合理的范围)。喜欢:

variable  chisq  pvalue 
L1        1.475    0.0892 
L2       18.453    0.0000E8 
L3        2.4781   0.0012 
L4        0.6785   0.2755 

我已经看到使用 map 来做类似的事情，但我无法让它工作，但由于我正在学习，任何简洁的方法都将不胜感激。

例如

map(~chisq.test(.x, data$column)) %>% 
  tibble(names = names(.), data = .) %>% 
  mutate(stats = map(data, tidy)) 
unnest(data,stats) 

谁能告诉我如何做到这一点？

谢谢!

Answer 1

这是一种方法:将数据变成长形状，在分组数据帧上使用 do 调用 chisq.test，然后使用 整理输出扫帚。

library(tidyverse)

set.seed(1)
A <-tibble(parasite=sample(0:1,10,rep=TRUE),
                     L1=sample(0:1,10,rep=TRUE),
                    L2=sample(0:1,10,rep=TRUE),
                    L3=sample(0:1,10,rep=TRUE), 
                    L4=sample(0:1,10,rep=TRUE))

A %>%
    gather(key = variable, value = value, -parasite) %>%
    group_by(variable) %>%
    do(chisq.test(.$parasite, .$value) %>% broom::tidy())
#> # A tibble: 4 x 5
#> # Groups:   variable [4]
#>   variable statistic p.value parameter method                             
#>   <chr>        <dbl>   <dbl>     <int> <chr>                              
#> 1 L1        0.         1             1 Pearson's Chi-squared test         
#> 2 L2        2.93e-32   1.000         1 Pearson's Chi-squared test with Ya…
#> 3 L3        0.         1             1 Pearson's Chi-squared test         
#> 4 L4        2.34e- 1   0.628         1 Pearson's Chi-squared test with Ya…

由reprex package于2018年5月11日创建(v0.2.0)。