r - 并行运行 JAGS 时的 DIC 和 PED

Question

我正在并行运行 JAGS，即每个链都在单独的进程/线程中。我打电话run.jags(..., method = "rjparallel", params = c(..., "dic", "ped")) 。我收到以下错误:

jags The DIC, PED, pD, full.pD and pOpt cannot be assessed when using parallel or separate chains

嗯....

1. 是不是因为 DIC 和 PED 是根据所有链计算的，而不仅仅是一个？难道不能在run.jags中完成吗？从所有线程收集结果后函数？

2. 有什么办法可以解决这个问题吗？并行运行时如何获得 DIC 和 PED？一定有可能，对吧？

Answer 1

如果您并行运行模型，则无法跟踪 dic 或 ped。这样做的原因是 extend.jags 函数需要“...多个链WITHIN同一模拟”(强调，请参阅帮助文件并查找 extend.jags 函数的 >monitor 参数)。并行运行时，每个核心只有一条链。

但是，您可以在使用 extract 函数拟合模型后收集这些数据。这是一个简单 JAGS 模型的可重现示例，用于说明如何执行此操作。

library(runjags)

# generate data
y <- rnorm(1000, 3, 10)

# the model
modelstring="
model{
mu ~ dnorm(0, 0.001)
tau ~ dgamma(0.001,0.001)
sigma <- 1 / sqrt(tau)
for(i in 1:1000){
y[i] ~ dnorm(mu, tau)
}
}
"
# save this model string in your working directory
fileconn <- file("simple_norm.R")
writeLines(modelstring, fileconn)
close(fileconn)

# fit the model
model = run.jags(model = "simple_norm.R", 
data = data_list,
monitor = c("mu", "sigma"),
n.chains = 3,
burnin = 1000,
sample = 5000,
method = "rjparallel"
)

# collect DIC and ped
my_dic <- extract(model, what = "dic")
my_ped <- extract(model, what = "ped")

# the output

> my_dic
Mean deviance:  7411 
penalty 1.979 
Penalized deviance: 7413 

> my_ped
Mean deviance:  7411 
penalty 3.961 
Penalized deviance: 7415