r - 如何为数据框的每一行创建列联表

Question

我有一个大型数据框，其中行作为物种，从 2 年开始计数作为列。我想为每一行创建一个列联表，以测试从第一年到第二年是否有重大变化(减少)。这是类似的假装数据:

Species   2016    2017
cat        14      8
dog        16      12
bird       10      5

然后对于每一行我想要一个像这样的表格:

cat       2017 2018
present   14    8
absent     0    6

dog       2017  2018
present   16    12
absent     0    4

bird      2017  2018
present    10    5
absent      0    5

这样，我将对每个表进行费舍尔精确检验，以测试下降是否显着。

我认为这可以通过 dplyr 来完成，或者应用类似于下面链接的行循环，但我不确定如何首先构建正确的表列表。 How to convert data frame to contingency table in R?

我一次从一行开始:

A <- df[1,1:3]
A[2,] <- 0
A[2,3] <- (A[1,2] - A[1,3])
fisher.test(A[2:3])

有关如何将其应用于大量行的建议将不胜感激!我的大脑在编码方面真的很困难。

Answer 1

一种tidyverse可能性可能是:

library(tidyverse)
library(broom)

df %>%
 rowid_to_column() %>%
 gather(var, present, -c(Species, rowid)) %>%
 arrange(rowid, var) %>%
 group_by(rowid) %>%
 mutate(absent = lag(present, default = first(present)) - present) %>%
 ungroup() %>%
 select(-rowid, -var) %>%
 nest(present, absent) %>%
 mutate(p_value = data %>%
         map(~fisher.test(.)) %>%
         map(tidy) %>%
         map_dbl(pluck, "p.value")) %>%
 select(-data)

  Species p_value
  <chr>     <dbl>
1 cat      0.0159
2 dog      0.101 
3 bird     0.0325

在这里，它首先执行从宽到长的数据转换，不包括“Species”列和引用行 ID 的列。其次，它根据行 ID 和原始列名称(按行 ID 引用年份和组)排列数据。第三，它计算年份之间的差异。最后，它嵌套每个物种的当前和不存在变量并执行fisher.test，然后返回每个物种的 p 值。