h5py - 我需要手动关闭 HDF5 文件吗？

Question

我是否正确理解 HDF5 文件应该像这样手动关闭:

import h5py

file = h5py.File('test.h5', 'r')

...

file.close()

来自文档:“HDF5 文件的工作方式通常类似于标准 Python 文件对象。它们支持 r/w/a 等标准模式，并且不再使用时应关闭 .”。

但我想知道:当脚本终止或file被覆盖时，垃圾收集会引发file.close()吗？

Answer 1

@kcw78 很久以前就在评论中回答了这个问题，但我想我不妨把它写下来，作为其他人达到此目的的快速答案。

正如 @kcw78 所说，当您使用完文件后，您应该通过调用 file.close() 显式关闭文件。根据以前的经验，我可以告诉您，当脚本终止时，h5py 文件通常会正确关闭，但有时文件会损坏(尽管我不确定在“r”中是否会发生这种情况)仅限 ' 模式)。最好不要碰运气!

正如 @kcw78 还建议的那样，如果您想安全的话，使用上下文管理器是一个好方法。无论哪种情况，您都需要小心地在关闭文件之前实际提取所需的数据。

例如

import h5py

with h5py.File('test.h5', 'w') as f:
    f['data'] = [1,2,3]

# Letting the file close and reopening in read only mode for example purposes

with h5py.File('test.h5', 'r') as f:
    dataset = f.get('data')  # get the h5py.Dataset
    data = dataset[:]  # Copy the array into memory 
    print(dataset.shape, data.shape)  # appear to behave the same
    print(dataset[0], data[0])  # appear to behave the same

print(data[0], data.shape)  # Works same as above
print(dataset[0], dataset.shape)  # Raises ValueError: Not a dataset

dataset[0] 此处引发错误，因为 dataset 是 h5py.Dataset 的实例，该实例与 f 关联并已关闭于同时 f 关闭。而 data 只是一个 numpy 数组，仅包含数据集的数据部分(即没有其他属性)。