perl - 在安装 conda 包期间更新 @INC 变量

Question

我正在尝试安装 Perl 模块的 conda 包。到目前为止，我可以使用 conda-build 创建包。为此，我有一个包含 build.sh 和 meta.yaml 文件的配方。

然后我在新环境中使用 conda-install 安装它，我希望能够运行位于我刚刚安装的 Perl 模块中的一些 Perl 脚本。

所有这些步骤都运行良好，但是当我运行一些脚本时，出现错误:

无法在 @INC 中找到 PMP/util.pm(您可能需要安装 PMP::util 模块)(@INC 包含:/.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi/.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/site_perl/5.26.2/.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi/.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/5.26.2 .)

正如你所看到的，当我执行 Perl 时，我的 Perl 模块的某些模块似乎无法识别。我知道要解决此问题，我可以修改 @INC 变量并将 bin/添加到 PATH，将 lib/添加到 PERL5LIB，但我需要在模块安装过程中自动执行此过程。

我真的不知道应该在哪里修改环境变量。例如，在创建包的过程中，在 build.sh 中添加一些内容？或者我应该在安装过程中管理它，如果是的话，我该怎么做？

如有任何建议，我们将不胜感激，

谢谢

编辑:

meta.yaml =>

{% set name = "module_name" %}
{% set version = "0.8.3" %}

package:
  name: "{{ name }}"
  version: "{{ version }}"

source:
  git_url: ssh://git@adress/bspcore/perl_module.git

build:
  number: 0

requirements:
  host:
    - perl
    - perl-extutils-makemaker
  run:
    - perl

about:
  home: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  license: xxx
  license_family: xxx
  summary: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

Build.sh =>

#!/bin/bash
if [ -f Build.PL ]; then
    perl Build.PL
    perl ./Build
    # Make sure this goes in site
    perl ./Build install --installdirs site
elif [ -f Makefile.PL ]; then
    # Make sure this goes in site
    perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
    make
    make install
else
    echo 'Unable to find Build.PL or Makefile.PL. You need to modify build.sh.'
    exit 1
fi

chmod u+rwx $PREFIX/bin/*
echo "${PREFIX}"

编辑2:

另一个编辑可以帮助你们更好地了解我的情况。我刚刚意识到，当我构建包时，我的 Perl 模块的 lib 文件夹(其中有 PMP::util)位于 lib/site_perl/5.26.0/Perl_Module 下。我非常确定，如果我能够将其直接安装在 lib/ 文件夹下，它将解决此问题。但是我不确定如何修改 build.sh 文件来修改我们构建 perl 模块的位置。

Answer 1

以下是如何创建一个安装 Perl 模块(依赖于 CPAN 模块)的 conda 包的简单示例，可能会帮助您解决问题:

在 Linux 上安装 miniconda

$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# NOTE: I answered "yes" on the question:
#   "Do you wish the installer to initialize Miniconda3 ?" in the
#   previous command. This will modify ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc # activates base environment
# Next command: Do not automatically activate conda for every terminal window,
# instead run "conda activate" from a given terminal window to
# activate locally. The following command also creates ~/.condarc
$ conda config --set auto_activate_base False

创建包:

perl-hello/meta.yaml:

package:
  name: perl-hello3
  version: "1.0"

source:
  path: ../src # NOTE: if you had put "src" in same folder as "meta.yaml", 
               # conda-build would have include the src folder in info/recipe in 
               # the generated package. It is not necessary to include  the 
               # source code in the generated package.

requirements:
  build:
    - perl >= 5.22
    - make

  run:
    - perl >= 5.22

about:
  license: Artistic
  summary: Simple perl function

../src/:

$ tree ../src
../src
├── lib
│   └── My
│       └── Module.pm
└── Makefile.PL

../src/Makefile.PL:

use utf8;
use ExtUtils::MakeMaker;

WriteMakefile(
    MIN_PERL_VERSION => 5.022000,
    NAME             => 'My::Module',
    VERSION_FROM     => 'lib/My/Module.pm',
    PREREQ_PM        =>
    {
        'ExtUtils::MakeMaker' => '7.12',
        'Data::Dump'          => 0,
    },
    ABSTRACT_FROM    => 'lib/My/Module.pm',
    AUTHOR           => 'Håkon Hægland <<a href="https://stackoverflow.com/cdn-cgi/l/email-protection" class="__cf_email__" data-cfemail="f89099939796d690999f9499969cb89f95999194d69b9795" rel="noreferrer noopener nofollow">[email protected]</a>>',
    LICENSE          => 'perl',
);

../src/lib/My/Module.pm:

package My::Module;
our $VERSION = 0.01;
use strict;
use warnings;
use Exporter qw(import);

our @EXPORT = qw(hello);
our @EXPORT_OK = @EXPORT;

use Data::Dump;
sub hello {
    print "Hello world!\n";
    my $str = "Testing Perl module Data::Dump";
    dd $str;
}
1;

build.sh:

# PERL_MM_USE_DEFAULT=1  -> automatically answer "yes" on config questions
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 cpan App::cpanminus
perl ${PREFIX}/bin/cpanm Data::Dump
perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install

请注意，我使用 perl ${PREFIX}/bin/cpanm 运行 cpanm。我无法简单地将其作为 cpanm 运行，请参阅 Can you rely on the shebang of an installed command during build?了解更多信息。

构建包

$ conda-build .

(记下生成的输出，并确定生成的包的路径。在我的例子中，路径名称为:

/home/hakon/miniconda3/conda-bld/linux-64/perl-hello3-1.0-pl526_0.tar.bz2

将包上传到anaconda服务器

• 在 Anaconda Cloud 注册新用户

• 安装客户端

  $ conda install anaconda-client
  

• 登录您的帐户:

  $ anaconda login
  

• 上传生成的包:

  $ anaconda upload /home/hakon/miniconda3/conda-bld/linux-64/perl-hello3-1.0-pl526_0.tar.bz2
  

测试包(可以在任何 Linux 机器上完成):

• 创建一个新环境:

   $ conda create --name perltest
   $ conda activate perltest
  

• 在新环境中安装软件包:

   $ conda install -c hakonhagland perl-hello3 
   # Alternatively: You can test the package locally before uploading with
   #   "conda install --use-local perl-hello3"
  

• 测试包:

   $ perl -E 'use My::Module; hello'
   Hello world!
   "Testing Perl module Data::Dump"