r - 如何在R中找到在特定高度砍树时的簇数

我想找到在给定高度砍伐一棵树时簇的数量。

该树属于 R 中的“dendrogram”类，因此我一直在使用包 dendextend 来探索这一点。

示例:

# Create a dend:
dend <- 1:5 %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram
# Plot it:
dend %>% plot

我想知道当我指定“height = 3”时有多少个簇(请参见生成的图中的 y 轴)。

在高度 3 处，我应该得到答案“2”，因为在该高度处，一条水平线应该碰到两条垂直线，因此会生成两个簇。

在“height = 1.5”处，答案应该是“3”，因为三条线交叉等等。

我正在使用dendrogram类的对象，因为我的原始数据采用Newick格式，并且我只找到了read.dendrogram()函数来解析该树。我已使用 as.hclust() 将其转换为 hclust 类，但我仍然找不到答案。

此外，如果有人知道如何绘制通过指定高度生成的簇，那将会有所帮助。

最佳答案

您想使用 denextend 中的 cutree

library(dendextend)
dend <- 1:5 %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram
length(unique(cutree(dend, h = 1.5)))

关于r - 如何在R中找到在特定高度砍树时的簇数，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/57255666/