Snakemake，以前缀作为输出，包括路径

Question

如何在规则中确保输出文件夹已正确创建？ 我应该添加每个预期结果文件吗？

以某种方式与snakemake define folder as output相关但在我的例子中，指定的“输出”是目录路径和所有结果文件的前缀的组合(它们将是多个)

以下命令创建文件夹路径 Analysis/MosDepth 并将文件添加到该路径:

 gt0.mosdepth.global.dist.txt
 gt0.mosdepth.region.dist.txt
 gt0.per-base.bed.gz
 gt0.per-base.bed.gz.csi
 gt0.regions.bed.gz
 gt0.regions.bed.gz.csi


rule MosDepth:
    input:
        bam = "Analysis/Minimap2/"+UnpackedRawFastq+".bam",
        bed = "ReferenceData/"+UnpackedGenomeGFF+"_exons.bed"
    output:
        pfx = "Analysis/MosDepth/gt0"
    threads: config["threads"]
    shell:
        "mosdepth -t {threads} -b {input.bed} {output.pfx} {input.bam}"

我目前只有规则 all: 中的一个文件，这是否足够，或者是否有更好的方法来确保最深度运行良好，并且不会在以后重新运行时重做？

rule all:
  input:
    "Analysis/MosDepth/gt0.regions.bed.gz"

Answer 1

我会推荐这样的东西:

mos_out = ['gt0.mosdepth.global.dist.txt', 'gt0.mosdepth.region.dist.txt', 'gt0.per-base.bed.gz', 'gt0.per-base.bed.gz.csi', 'gt0.regions.bed.gz', 'gt0.regions.bed.gz.csi']

rule MosDepth:
    input:
        bam = "Analysis/Minimap2/"+UnpackedRawFastq+".bam",
        bed = "ReferenceData/"+UnpackedGenomeGFF+"_exons.bed"
    output:
        expand("Analysis/MosDepth/{mos_out}", mos_out=mos_out) 
    params:
       pfx = "Analysis/MosDepth/gt0"
    threads: config["threads"]
    shell:
        "mosdepth -t {threads} -b {input.bed} {params.pfx} {input.bam}"

如果规则未创建其中一个输出文件，snakemake 将为您删除所有输出文件，并抛出错误。