python - 带绘图的树状图 - 如何为层次聚类设置自定义链接方法

Question

我是绘图新手，需要绘制具有组平均链接的树状图。

我知道 create_dendrogram() 中有一个 distfun 参数，但我不知道要传递给该参数以获取组平均链接。 distfun 参数显然必须是可调用的。我应该传递什么函数给它？

作为旁注，我有一个样本成对距离矩阵 0 13 0 2 14 0 17 1 18 0 当我传递给 create_dendrogram() 方法时，它似乎产生了错误的结果。我在这里做错了什么？

代码:

import plotly.figure_factory as ff

import numpy as np

X = np.matrix([[0,0,0,0],[13,0,0,0],[2,14,0,0],[17,1,18,0]])

names = list("0123")
fig = ff.create_dendrogram(X, orientation='left', labels=names)
fig.update_layout(width=800, height=800)
fig.show()

代码是从plotly网站上复制过来的，我不知道我应该做什么。 本网站:https://plotly.com/python/v3/dendrogram/

Answer 1

您可以使用 scipy.cluster.hierarchy.linkage() 选择链接方法 通过 create_dendrogram() 函数中的 linkagefun 参数。

例如，使用 UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) algorithm :

import plotly.figure_factory as ff
import scipy.cluster.hierarchy as sch
import numpy as np

X = np.matrix([[0,0,0,0],[13,0,0,0],[2,14,0,0],[17,1,18,0]])

names = "0123"
fig = ff.create_dendrogram(X,
                           orientation='left',
                           labels=names,
                           linkagefun=lambda x: sch.linkage(x, "average"),)
fig.update_layout(width=800, height=800)
fig.show()

请注意，X 必须是数据样本矩阵。