python - 在 python 中可视化 3D 视频序列

Question

我有一堆 100 张尺寸为 300 x 300 的图像，代表 3D 体积。我还有另外 100 个这样的 3D 卷作为序列。我一直在尝试将此 3D 图像序列数据可视化为视频，在视频中我可以观看音量如何随时间变化，并在场景中移动以从不同 View 查看音量的变化。

我尝试在 matplotlib 中执行此操作，但它仅适用于 3D 点数据，而且我无法弄清楚如何将 3D 图像堆栈可视化为视频。我也没有在mayavi或plotly中看到对此的支持，我想知道是否有一个包可以开箱即用地进行这种可视化？我希望将视频序列视为 MIP，并且如果可能的话对它们进行切片。

Answer 1

您可以尝试使用napari库 python 库。

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您可以使用pip install napari来安装napari。 Here's安装指南。
注意:您需要使用 python 3.8 或更高版本。

我编写了一个示例脚本，其中随机生成的噪声作为图像:

import napari
import numpy as np

# Randonmly generated a images 
image_sequence = np.random.randint(0, 255, size=(100, 300, 300), dtype=np.uint8)

viewer = napari.Viewer()
viewer.add_image(image_sequence)
viewer.layers[0].rendering = 'mip' # Maximum Intensity Projection (MIP)
viewer.dims.ndisplay = 3
napari.run()

这是它的样子

要让播放器单击 napari 窗口左下角的切换显示按钮或按Ctrl+Y。