image - 当我们有 from 时，如何获得位移场或控制点向量？

Question

我正在使用图像配准工具箱来配准两个 3D 图像。我将移动图像注册到固定图像。我使用“imregtform”来保存tform。

tform = imregtform(moving,fixed,transformType,optimizer,metric)

例如，这是我的“tform”:

    1.0235    0.0022   -0.0607         0
   -0.0276    1.0002    0.0089         0
   -0.0170   -0.0141    1.1685         0
   12.8777    5.0311  -70.0325    1.0000

然后我使用“Imwarp”将移动图像转换为固定图像。在我的代码中是这样的，

nii=load_untouch_nii(['mypath image.nii' ]);
I = nii.img; 
dii=nii.hdr.dime.pixdim(2:4);
Rfixed=imref3d(size(I),dii(2),dii(1),dii(3)); 
timg= imwarp(I, Rfixed, tform, 'OutputView', Rfixed);

“timg”是源图像的传输图像。我检查了它，它工作正常，但我现在需要此转换的控制点或位移场。换句话说，我需要知道每个体素(3d 像素)移动到哪个位置。如果我知道这一点我可以绘制矢量场。在可变形图像配准方法中，如 NiftyReg package ，提供控制点命令是为了方便用户，但我不知道如何在Matlab中进行简单的3d仿射。 任何帮助将不胜感激

Answer 1

您可以非常轻松地将几何变换应用于单个点。

您只需将您的点定义为 p=[x;y;z;1]

然后通过pt=p*tform;获取pt pt=pt(1:3)./pt(4); (搜索齐次坐标以解释最后一个划分)。这就是 imwarp 在内部所做的事情。它对每个像素p执行上述乘法。

要获得位移，您只需disp=pt-p;。请注意，位移很可能不是整数。

请注意，在可变形图像配准领域，通常每个控制点都会有不同的tform(这就是为什么它被称为可变形而不是刚性)

编辑:正如 @Ashish Uthama 在评论中建议的那样，您还可以使用 Matlab 内置函数 transformpointsforward() 来完成此操作。我将永远是“编写自己的代码”哲学的倡导者，尤其是第一次，这样你就明白你实际上在做什么。

http://uk.mathworks.com/help/images/ref/affine3d.transformpointsforward.html