r - 如何将 R 中数据帧中的行与 dplyr 配对？

Question

我有一个数据框，其中包含来自对照组和实验组的观察结果，并为每个受试者提供了重复数据: 这是我的数据框的示例:

subject  group    replicate value
  A     control      1       10
  A     control      2       15
  A     experim      1       40
  A     experim      2       45
  B     control      1       5
  B     experim      1       30
  C     control      1       50
  C     experim      1       NA

我想将每个对照观察值与其相应的实验观察值配对，以便计算配对值之间的比率。 所需的输出:

subject  replicate  control   experim  ratio
  A         1         10        40       4
  A         2         15        45       3
  B         1          5        30       6
  C         1         50        NA       NA

请注意，受试者的重复次数可能会有所不同(A 有两个重复，B 只有一个，C 有一个缺失值)。理想情况下，我希望看到它通过 dplyr 和管道实现。

Answer 1

我们可以使用 data.table 中的 dcast 转换为“wide”格式，然后通过将“experim”除以“control”来创建“ratio”列

library(data.table)
dcast(setDT(df1), subject+replicate~group, value.var="value")[,
            ratio:= experim/control][]
#     subject replicate control experim ratio
#1:       A         1      10      40     4
#2:       A         2      15      45     3
#3:       B         1       5      30     6
#4:       C         1      50      NA    NA

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或者使用 tidyr 中的 spread 转换为“宽”格式，然后使用 mutate 创建“比率”。

library(dplyr)
library(tidyr)
spread(df1, group, value) %>% 
        mutate(ratio = experim/control)
#    subject replicate control experim ratio
#1       A         1      10      40     4
#2       A         2      15      45     3
#3       B         1       5      30     6
#4       C         1      50      NA    NA

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或者使用base R中的reshape

transform(reshape(df1, idvar = c("subject", "replicate"), 
   timevar="group", direction="wide"), ratio = value.experim/value.control)