r - R 中 igraph 的边缘条件

Question

我正在研究 igraph，试图对取自 KEGG xml 的图表进行我自己的可视化。我已经检索了图形的邻接矩阵和边列表。现在我的边有一些条件，例如我有抑制、激活和结合关联(未加权)。现在我想对边缘进行不同的着色，并且我还希望每个条件的边缘形状都不同。例如，带有箭头和绿色的边缘用于激活。一条垂直的边缘位于一个边缘之后，颜色为红色以表示抑制。也许还有一条用于绑定(bind)关联的虚线。

名为 react 的边缘列表如下所示

    > entry1    entry2  name 

    > 59         62     activation
    > 62         57     Inhibition
    > 61         60     binding association
    > 53         42     activation  

我的节点采用有向邻接矩阵的形式。

  plot(G,vertex.shape= "rectangle", edge.arrow.size=.3, edge.color=ifelse(reactions$name =="activation", "green", "red"),vertex.color="gold", vertex.size2=1,vertex.frame.color="gray", vertex.label.color="black", vertex.label.cex=1, vertex.label.dist=0.5, edge.curved=0.2) 

我只是想先检查代码是否适用于激活，然后处理其他条件，但我所有的边缘都是绿色的，而不仅仅是激活的边缘。

有人可以帮我解决这个问题吗？我尝试将 edge.color 与 ifelse 一起使用，但不太知道如何使用它。

Answer 1

不要根据数据框中的条件引用变量，而是尝试引用图表本身中的数据。在这里我可以重新创建您的图表:

library(igraph)

d <- data.frame(ego=c('59', '62', '61', '53'), alter=c('62', '57', '60', '42'), status=c("activation","Inhibition","binding association","activation"))

G <- graph_from_data_frame(d)

让我们看看图表包含哪些内容:

str(G)

(e/c) 告诉我们 status 是边缘的特征，正是我们想要调节边缘的颜色和/或形状的特征。

plot(G)

plot(G, vertex.shape= "rectangle", edge.arrow.size=.3, edge.color=ifelse(E(G)$status =="activation", "green", "red"), vertex.color="gold", vertex.size2=1, vertex.frame.color="gray", vertex.label.color="black", vertex.label.cex=1, vertex.label.dist=0.5, edge.curved=0.2)