r - 使用 knit::purl 进行 block 引用

Question

在我看来，knitr::purl 不处理 block 引用。参见例如

cat('
```{r label, eval = FALSE}
print("Second: hello world!")
```

This is first.

```{r ref.label = "label", echo = FALSE}
```
', file = "test.Rmd")

现在我们用 knit 和 purl 来处理它。

knitr::knit("test.Rmd", "test.md")
knitr::purl("test.Rmd", "test.R")

cat(readLines("test.md"), sep = "\n")

#> ```r
#> print("Second: hello world!")
#> ```
#>
#> This is first.
#>
#>
#> ```
#> ## [1] "Second: hello world!"
#> ```

cat(readLines("test.R"), sep = "\n")

#> ## ----label, eval = FALSE---------------------------------------------
#> ## print("Second: hello world!")
#>
#> ## ----ref.label = "label", echo = FALSE-------------------------------
#>

我不完全确定 echo=FALSE 对于 purl 意味着什么，但是 echo=TRUE 也不起作用。 purl=TRUE 和/或 eval=TRUE 也会产生相同的结果。

我在这里误解了什么吗？ purl 不应该只输出 knit 运行的代码吗？

Answer 1

这是我所做的解决方法。对于我不想运行但想包含在 .html 和 .R 输出中的 block ，我指定了 purl = TRUE，例如

```{r label, eval = FALSE, purl = TRUE}
server <- function(input, output, session) {
  rvs <- reactiveValues(data = NULL)
  # ...
}
```

然后以通常的方式引用它们，但使用 purl = FALSE 例如

```{r ref.label = label, purl = FALSE, echo = FALSE}
```

然后使用此后处理函数取消注释具有 purl = TRUE 的部分:

postprocess <- function(file) {

  lines <- readLines(file)

  include <- grep("^## ---.*purl = TRUE.*$", lines)
  empty <- grep("^\\s*$", lines, perl = TRUE)

  do_chunk <- function(start) {
    start <- start + 1L
    if (start > length(lines)) return()
    ## first empty line after start
    end <- empty[empty >= start][1]
    if (is.na(end)) end <- length(lines)
    lines[start:end] <<- sub("^## ", "", lines[start:end])
  }

  lapply(include, do_chunk)

  writeLines(lines, con = file)
}