r - 通过R中的for循环将多个图表保存在1个pdf页面中

Question

请假设任何数据集。情况:我正在所有自变量上运行 for 循环，以创建与因变量的关系(散点)图。并希望将绘图保存为 pdf 文件，但保存在 1 个文件的 1 或 2 页 pdf 中，而不是将每个图形保存在 1 个单独的页面中(我已经实现了)。我正在使用以下案例

第一次尝试使用开发选项

library(ggplot2)
library(gridExtra)

pdf("one.pdf", onefile = TRUE)
for (i in 1:length(dataset)) 
{
new_plot[[i]]=print(ggplot(data=dataset, aes(x=dataset[[i]], y=loss))+geom_point(size=1, alpha=0.3)+ 
      geom_smooth(method = lm)+
      xlab(paste0(colnames(int[i]), '\n', 'R-Squared: ',round(cor(int[[i]],int$loss, use = 'complete.obs'), 2)))+
      ylab("log(loss)") + theme_light())
plot_list = c(new_plot[[i]])
grid.arrange(plot_list)
}
dev.off()

第二次尝试使用 ggsave

    for (i in 1:length(dataset)) 
    {
    new_plot[[i]]=print(ggplot(data=dataset, aes(x=dataset[[i]], y=loss))+geom_point(size=1, alpha=0.3)+ 
          geom_smooth(method = lm)+
          xlab(paste0(colnames(int[i]), '\n', 'R-Squared: ',round(cor(int[[i]],int$loss, use = 'complete.obs'), 2)))+
          ylab("log(loss)") + theme_light())
    m=marrangeGrob(new_plot[[i]],nrow=2, ncol=2)
    }

    ggsave("one.pdf",m)

两次我都收到错误

Error in gList(data = list(list(x = c(2213.18, 1283.6, 3005.09, 939.85,  : 
only 'grobs' allowed in "gList"

如果可能的话，请分享如何在每个页面上以 2*2(示例)形式发布图表。我非常感谢所有的帮助。提前致谢!

Answer 1

一种简单的方法可能是将数据转换为长格式(使用 tidyr 中的 gather)，然后仅使用 facet_wrap 进行排列为你。这也节省了一些困难的循环，并自动包含您可能需要/想要的任何图例。

因为您没有提供任何可重现的数据，所以这里是一个带有内置 iris 数据的示例。

iris %>%
  gather(Response, Value, -Sepal.Width, -Species) %>%
  ggplot(aes(x = Value
             , y = Sepal.Width
             , col = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth(method = "lm") +
  facet_wrap(~Response
             , scale = "free_x")

给出:

如果出于某种原因，您确实想循环遍历绘图，则可以使用包 cowplot 将内容拼接在一起。上述方法的问题之一是，您似乎每次都会重写绘图列表，而您最好构建所有绘图，然后处理它们。

在这里，我使用 lapply 而不是 for，因为它往往工作得更顺利。我还使用 aes_string 而不是将向量传递给 aes，因为这样可以更清楚地了解发生的情况。

myPlots <- lapply(names(iris)[c(1,3,4)], function(thisPredictor){
  iris %>%
    ggplot(aes_string(x = thisPredictor
                      , y = "Sepal.Width"
                      , col = "Species")) +
    geom_point() +
    geom_smooth(method = "lm")
})

然后，您可以使用 plot_grid 将它们像这样放在一起

plot_grid(plotlist = myPlots)

给出:

如果不是传奇的话，这会起作用。幸运的是，这些也可以轻松处理

plot_grid(
  plot_grid(plotlist = lapply(myPlots, function(x){x + theme(legend.position = "none")})
            , nrow = 1)
  , get_legend(myPlots[[1]] + theme(legend.direction = "horizontal"))
  , nrow = 2
  , rel_heights = c(9,1) )

给出