matlab - 使用 Matlab 读取 HDF5 容器中的单个文件

Question

我正在尝试从我之前编写的 HDF5 容器中读取单个文件。我认为这很简单:从文件大小和文件索引派生索引并读取 HDF5 文件的相应部分。

file = h5read(filename, datasetname, ...
         [ones(1, length(dataSize)-1) fileIdx], [dataSize(1:end-1) fileIdx]);

在以下示例中，这将转换为 h5read('myfile.h5', '/data', [1 1 1 4] , [1024 1024 4 4]);:

% info for myfile.h5
h5disp('myfile.h5');

% HDF5 myfile.h5.h5 
% Group '/' 
% Dataset 'data' 
%     Size:  1024x1024x4x5
%     MaxSize:  1024x1024x4x5
%     Datatype:   H5T_IEEE_F64LE (double)
%     ChunkSize:  1024x1024x4x1
%     Filters:  deflate(1)
%     FillValue:  0.000000

% read in myfile.h5:
h5read('myfile.h5', '/data', [1 1 1 4] , [1024 1024 4 4]);

...对于前三个图 block 效果很好，但对于第四个图 block 会抛出错误:

Error using h5readc
The index arguments exceed the size of the dataset.

Error in h5read (line 58)
[data,var_class] = h5readc(Filename,Dataset,start,count,stride);
...

但是，前面的 h5disp('myfile.h5'); 表明，HDF5 容器与我的这些文件中的 5 个 (1024x1024x4x5) 一样大与

一起使用

info = h5info(filename, datasetname); 
dataSize = info.Dataspace.Size; 

HDF5 容器没问题。读取所有文件，然后在 Matlab 中访问 BLOB，效果很好。

data = h5read(filename, datasetname);
file = data(:,:,:,fileIndex);

正如我所说，我的方法适用于前三个图 block ，但随后失败了。我在这里忽略了什么吗？

Answer 1

再次查看doc h5read。您似乎误解了 start 和 count 参数。

start 是开始读取数据的位置，count 是读取数据量。当您请求 h5read('myfile.h5', '/data', [1 1 1 4] , [1024 1024 4 4]); 时，您要求从第四个图 block 的开头开始([1 1 1 4])，然后读取 4 个完整图 block ([1024 1024 4 4])。由于数据集只有 5 个图 block ，这会给您带来尺寸超出错误。

要读取第四个图 block ，请尝试 h5read('myfile.h5', '/data', [1 1 1 4] , [1024 1024 4 1]);