rcpp - R session 中止

Question

library(Rcpp)
library(geoR)
elevationd=as.matrix(data.frame(xcoords=elevation$coords[,1], 
ycoords=elevation$coords[,2], elev=elevation$data))
elevationd

cppFunction('void a(NumericMatrix data){
  int nr = data.nrow();
  int nc = data.ncol();
  NumericVector tmp;
  for (int i; i<nr; i++){
    tmp[i] = data(i,2);
  }
  NumericMatrix mat(nr, nr);
  for (int i; i<nr; i++){
    for (int j; j<nr; j++){
      mat(i,j) = (tmp[i] - tmp[j])*(tmp[i] - tmp[j]);
    }
  }
}')


a(elevationd)

我有一个这样的 r 代码。

但是当我实现这个时，我得到“R session 中止。R 遇到 fatal error 。 session 被终止。”消息。

但我找不到我的代码有任何问题。

不知道是不是硬件的问题......不是我的代码问题T.T

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感谢德克

这是我编辑的代码。

cppFunction('NumericMatrix f1(NumericMatrix data){
  int nr = data.nrow();
  int nc = data.ncol();
  NumericMatrix mat(nr, nr);
  for (int i=0; i<nr; i++){
    for(int j=0; j<nr; j++){
      mat(i,j) = (data(i,2)-data(j,2))*(data(i,2)-data(j,2));
    }
  }
  return mat;
}')

Answer 1

罗兰已经给了你一个很好的提示，你也有两种类型错误，并且错过了向量初始化的大小。

下面是修复版本，作为 C++ 文件，您可以使用自动执行的相关 R 代码来获取:

R> Rcpp::sourceCpp("/tmp/jiwon.cpp")

R> library(geoR)
--------------------------------------------------------------
 Analysis of Geostatistical Data
 For an Introduction to geoR go to http://www.leg.ufpr.br/geoR
 geoR version 1.7-5.2 (built on 2016-05-02) is now loaded
--------------------------------------------------------------


R> elevationd <- as.matrix(data.frame(xcoords=elevation$coords[,1], 
+                                    ycoords=elevation$coords[,2], 
+             .... [TRUNCATED] 

R> str(elevationd)
 num [1:52, 1:3] 0.3 1.4 2.4 3.6 5.7 1.6 2.9 3.4 3.4 4.8 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:52] "1" "2" "3" "4" ...
  ..$ : chr [1:3] "xcoords" "ycoords" "elev"

R> str(a(elevationd))
 num [1:52, 1:52] 0 5929 13225 32400 4900 ...
R>

这是修复后的代码，解决了您的一些错误:

#include <Rcpp.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix a(NumericMatrix data){
  int nr = data.nrow();
  int nc = data.ncol();
  NumericVector tmp(nr);
  for (int i=0; i<nr; i++){
    tmp[i] = data(i,2);
  }
  NumericMatrix mat(nr, nr);
  for (int i=0; i<nr; i++){
    for (int j=0; j<nr; j++){
      mat(i,j) = (tmp[i] - tmp[j])*(tmp[i] - tmp[j]);
    }
  }
  return mat;
}

/*** R
library(geoR)
elevationd <- as.matrix(data.frame(xcoords=elevation$coords[,1], 
                                   ycoords=elevation$coords[,2], 
                                   elev=elevation$data))
str(elevationd)
str(a(elevationd))
*/