r - 查找稀疏矩阵行中的交集

Question

作为 MCVE，考虑这样的稀疏矩阵(另请参阅最后的 dput 输出)

> X
10 x 8 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

 [1,] .    . .    .    5.45 .    .    1.75
 [2,] .    . 5.05 1.75 5.45 3.60 .    .
 [3,] 5.45 . 2.45 .    .    .    .    .
 [4,] .    . 5.05 .    6.50 .    .    .
 [5,] 5.45 . .    .    .    2.85 .    .
 [6,] .    . .    .    5.95 .    .    1.75
 [7,] 5.45 . .    1.60 .    .    2.45 .
 [8,] 5.45 . .    1.60 .    .    2.45 .
 [9,] 5.45 . 2.45 .    .    .    .    .
[10,] .    . 5.05 1.75 5.45 3.60 .    .

例如，如果给定的交集是 c(1L, 3L)，那么我想知道第一列和第三列上具有非零元素的行的索引，即 c(3, 9) 。对于交集 c(3L, 4L, 5L)，它应该是 c(2, 10)。

请注意，在我的应用程序中

1. 矩阵X可能有数十万行和/或数千列。
2. 每个交集通常有 2 到 3 个元素，最多 6 个元素。
3. 将有数百个不同的交叉点需要lapply，因此您可能需要进行一些预处理。

这就是我现在正在做的事情

> intersections <- list(c(1L, 3L), c(3L, 4L, 5L))
> nonzero.rows <- by(X@i, rep(1:ncol(X), times=diff(X@p)), list)
> find.row.id <- function(intersection, nonzero.rows) Reduce(intersect, nonzero.rows[as.character(intersection)]) + 1
> lapply(intersections, find.row.id, nonzero.rows=nonzero.rows)
[[1]]
[1] 3 9

[[2]]
[1]  2 10

分析表明这是我的库中最大的瓶颈之一。你能加快速度吗？

---

> dput(X)
new("dgCMatrix", i = c(2L, 4L, 6L, 7L, 8L, 1L, 2L, 3L, 8L, 9L,
1L, 6L, 7L, 9L, 0L, 1L, 3L, 5L, 9L, 1L, 4L, 9L, 6L, 7L, 0L, 5L
), p = c(0L, 5L, 5L, 10L, 14L, 19L, 22L, 24L, 26L), Dim = c(10L,
8L), Dimnames = list(NULL, NULL), x = c(5.45, 5.45, 5.45, 5.45,
5.45, 5.05, 2.45, 5.05, 2.45, 5.05, 1.75, 1.6, 1.6, 1.75, 5.45,
5.45, 6.5, 5.95, 5.45, 3.6, 2.85, 3.6, 2.45, 2.45, 1.75, 1.75
), factors = list())

Answer 1

代表

library(Matrix)
set.seed(1)
X <- rsparsematrix(10000, 1000, 0.3)
intersections <- replicate(10000, sample(ncol(X), sample(2:4)))

测试一些解决方案

您的解决方案:

system.time({
  nonzero.rows <- by(X@i, rep(1:ncol(X), times=diff(X@p)), list)
  find.row.id <- function(intersection, nonzero.rows) Reduce(intersect, nonzero.rows[as.character(intersection)]) + 1
  lapply(intersections, find.row.id, nonzero.rows=nonzero.rows)
}) # 3.4 sec

将 X 重新编码为向量列表(与您的解决方案相距不远，但更优雅):

system.time({
  X2 <- as(X, "dgTMatrix")
  X3 <- split(X2@i + 1L, factor(X2@j + 1L, levels = seq_len(ncol(X))))
  lapply(intersections, function(ind) Reduce(intersect, X3[ind]))
}) # 3.4 sec

从较小的集合开始减少:

system.time({
  X2 <- as(X, "dgTMatrix")
  X3 <- split(X2@i + 1L, factor(X2@j + 1L, levels = seq_len(ncol(X))))
  lapply(intersections, function(ind) {
    X3.ind <- X3[ind]
    len <- lengths(X3.ind)
    Reduce(intersect, X3.ind[order(len)])
  })
}) # 3.7 sec

评论中提出的解决方案:

system.time({
  lapply(intersections, function(ind) {
    which(Matrix::rowSums(X[, ind] != 0) == length(ind))
  })
}) # 46 sec

https://coolbutuseless.github.io/2018/09/17/intersection-of-multiple-vectors/ 提出的解决方案:

system.time({
  X2 <- as(X, "dgTMatrix")
  X3 <- split(X2@i + 1L, factor(X2@j + 1L, levels = seq_len(ncol(X))))
  lapply(intersections, function(ind) {
    tally <- integer(nrow(X))
    for (elements in X3[ind]) {
      tally[elements] <- tally[elements] + 1L
    }
    which(tally == length(ind))
  })
}) # 1.7 sec

您可以轻松并行化lapply()。