r - 如何使用 R 中的元包更改森林图中子组的顺序？

Question

我需要一些帮助来更改子组在我的森林图中的显示顺序。我正在使用 R 中的 meta 包来执行元分析并生成我的森林图。我在下面提供了一些示例数据。

mydata <- data.frame(
  A = 1:9,
  Ms = sample(100:500, 9),
  Ss = sample(10:50, 9),
  Mr = sample(100:500, 9),
  Sr = sample(10:50, 9),
  Ns = sample(5:50, 9),
  Nr = sample(5:50, 9),
  P = sample(c("foot", "tibia", "lumbar"), 9, replace = TRUE)
  )

这是一些用于运行我的荟萃分析的基本代码。

ma <- metacont(Ns,
               Ms,
               Ss,
               Nr,
               Mr,
               Sr,
               data = mydata,
               byvar = P,
               comb.fixed = FALSE,
               comb.random = TRUE)

我使用 byvar 函数来运行子组分析。这是我用来绘制结果的代码。

forest(ma,
       layout = "RevMan5",
       subgroup = TRUE,
       print.byvar = FALSE)

我希望将子组排序为脚、胫骨和腰椎，而不是脚、腰椎和胫骨(如下面的链接所示)。我不知道如何做到这一点，任何帮助将不胜感激。

Answer 1

在最新版本的meta包中，您应该在原始数据集中设置P的因子水平。

考虑这个原始版本:

set.seed(123)
mydata <- data.frame(A = 1:9,  Ms = sample(100:500, 9), Ss = sample(10:50, 9),  Mr = sample(100:500, 9),
                     Sr = sample(10:50, 9),  Ns = sample(5:50, 9),  Nr = sample(5:50, 9),
                     P = sample(c("foot", "tibia", "lumbar"), 9, replace = TRUE))

ma <- metacont(Ns, Ms, Ss, Nr, Mr, Sr, data = mydata, byvar = P, comb.fixed = FALSE, comb.random = TRUE)

现在更改 P 的因子水平:

mydata$P <- factor(mydata$P, levels = c("foot", "tibia", "lumbar"))

ma <- metacont(Ns, Ms, Ss, Nr, Mr, Sr, data = mydata, byvar = P, comb.fixed = FALSE, comb.random = TRUE)
forest(ma, layout = "RevMan5", subgroup = TRUE, print.byvar = FALSE, bysort = FALSE)

在以前的版本中，您可以更改元对象对象的 $bylevs 元素。

ma$bylevs <- c("foot", "tibia", "lumbar")
forest(ma,
       layout = "RevMan5",
       subgroup = TRUE,
       print.byvar = FALSE)