r - igraph:如何将图转换为二分图？

Question

我在 igraph 中有一个简单的图表，如下所示:

> myGraph
IGRAPH 9689c03 DN-- 11 8 -- 
+ attr: name (v/n), types (v/n), col (v/n), degree (v/n)
+ edges from 9689c03 (vertex names):
[1] 2-> 7 2-> 8 2-> 9 2->10 3->11 3->12 3->13 3->14

虽然它是一个简单的图，但它的拓扑结构就像一个二部图。这意味着节点的类型为 0 和 1，并且每个组中的节点没有连接在一起:

> V(myGraph)$types
[1] 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

我想知道是否有一种方法/函数/方法可以将这个简单的图转换为二分图以使用一些可用的函数，例如:bipartite.projection()？

Answer 1

二分图依赖于图对象myGraph的type属性，而不是types。在这种情况下，您可以尝试使用以下代码使 myGraph 成为二分图:

> myGraph <- myGraph %>%
+   set_vertex_attr(name = "type", value = as.logical(V(.)$types))

> is_bipartite(myGraph)
[1] TRUE

您可以看到 myGraph 现在是一个二部图，并且 bipartite.projection() 为您提供

> bipartite.projection(myGraph)
$proj1
IGRAPH 8f910c3 UNW- 8 12 --
+ attr: name (v/c), types (v/l), weight (e/n)
+ edges from 8f910c3 (vertex names):
 [1] 7 --8  7 --9  7 --10 8 --9  8 --10 9 --10 11--12 11--13 11--14 12--13
[11] 12--14 13--14

$proj2
IGRAPH 8f910c3 UN-- 2 0 --
+ attr: name (v/c), types (v/l)
+ edges from 8f910c3 (vertex names):

虚拟数据

df <- data.frame(
  from = c(2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3),
  to = c(7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14)
)

myGraph <- graph_from_data_frame(df) %>%
  set_vertex_attr(name = "types", value = names(V(.)) %in% df$from)