r - 在 R 中使用facet_grid 将 Kruskal Wallis p 值添加到箱线图中时出错

Question

我正在尝试将 Kruskal Wallis p 值添加到我的箱线图中，尽管我已经看到很多包含该解决方案的帖子，但我无法使其工作。

这是我的数据和运行箱线图的代码:

library(ggplot2)
library(dplyr)
set.seed(1234)
Gene <- floor(runif(25, min=0, max=101))
Age <- floor(runif(25, min=18, max=75))
Group <- c("Group1", "Group1", "Group3", "Group2", "Group1", "Group3", "Group2", "Group2", "Group2", "Group1", "Group1", "Group3", "Group1", "Group2", "Group1", "Group2", "Group3", "Group1", "Group3", "Group3", "Group2", "Group1", "Group3", "Group3","Group2")


df <- data.frame(Gene, Age, Group)

mybreaks <- seq(min(df$Age)-1, to=max(df$Age)+10, by=10)
df$groups_age <- cut(df$Age, breaks = mybreaks, by=10)

bp <- ggplot(df, aes(x=groups_age, y=Gene, group=groups_age)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=groups_age)) + 
  facet_grid(. ~ Group)

bp

在此post ，我看到一种方法可以做到这一点，但是当我尝试执行相同操作时，我收到此错误 Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'groups_age' not found 并且未显示该图。

代码:

pv <- df %>%
  group_by(Group) %>%
  summarize(Kruskal_pvalue = kruskal.test(Gene ~ groups_age)$p.value)

bp <- ggplot(df, aes(x=groups_age, y=Gene, group=groups_age)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=groups_age)) + 
  facet_grid(. ~ Group) +
  geom_text(data=pv, aes(x=2, y=75, label=paste0("Kruskal-Wallis\n p=",Kruskal_pvalue)))
bp

请注意，我手动输入了 x 和 y，只是为了放置值。但是，我想更自动地执行此操作，具体取决于基因的值(如果它发生变化)。

有谁知道我为什么会收到该错误以及为什么它不起作用？

提前非常感谢

问候

Answer 1

问题在于您使 group=groups_age 成为一种全局审美。所有图层都将继承全局 aes，因此所有图层都将在提供给图层的数据中查找名为 groups_age 的列。由于 geom_text 中使用的数据 pv 不包含此名称的列，因此您会收到错误。

要解决您的问题，您可以删除 group=groups_age，因为您的情况不需要它。对于更一般的情况，您必须更具体地说明您创建的本地或全局 aes。此外，每个 geom 都有一个 inherits.aes 参数(默认情况下为 TRUE)，以防止继承全局 aes:

library(ggplot2)

bp <- ggplot(df, aes(x = groups_age, y = Gene)) +
  geom_boxplot(aes(fill = groups_age)) +
  facet_grid(. ~ Group) +
  geom_text(data = pv, aes(x = 2, y = 75, label = paste0("Kruskal-Wallis\n p=", Kruskal_pvalue)))
bp

^{由 reprex package 于 2021 年 12 月 21 日创建(v2.0.1)}