bash - 如何读取 2 列文件并将每列作为 GNU 并行的配对输入传递

Question

我在一个目录中有一个配对文件列表，我将其放入文件中(使用 paste)

cat list.files.r12.txt | head -n3
./ID1_L2_R1_001.fastq.gz    ./ID1_L2_R2_001.fastq.gz
./ID2_L3_R1_001.fastq.gz    ./ID2_L3_R2_001.fastq.gz
./ID3_L2_R1_001.fastq.gz    ./ID3_L2_R2_001.fastq.gz

您可以看到该对位于 R1 和 R2 之间。

这仅用于测试，因为这将传递给另一个命令。下面的命令只是逐行粘贴。

parallel -j 1 "echo {}" ::::  <(cat list.files.r12.txt | head -n3)

此文件重复文件

parallel -j 1 "echo {} {}" ::::  <(cat list.files.r12.txt | head -n3)

这不起作用:

parallel -j 1 "echo {1} {2}" ::::  <(cat list.files.r12.txt | head -n3)

基本上，我想要的是 list.files.r12.txt 文件的每一行都可以并行执行。这是所需的输出:

program ... ./ID1_L2_R1_001.fastq.gz ./ID1_L2_R2_001.fastq.gz
program ... ./ID2_L2_R1_001.fastq.gz ./ID2_L2_R2_001.fastq.gz
program ... ./ID3_L2_R1_001.fastq.gz ./ID3_L2_R2_001.fastq.gz

Answer 1

cat list.files.r12.txt | head -n3 |
   parallel --colsep '\t' echo

cat list.files.r12.txt | head -n3 |
   parallel --colsep '\t' echo one:{1} two:{2}

当您进行配对末端读取时，您通常可以执行以下操作:

parallel --plus echo read:{} paired:{/_R1_/_R2_/} ::: *__R1_*

这样就可以避免粘贴。